Los valores centrales que mantiene el Compañerismo Bautista Cooperativo comienzan con cuatro puntos que el CBF considera principios bautistas de fe y práctica.
- La libertad del alma es la capacidad de todas las personas de relacionarse directamente con Dios. La creencia en el sacerdocio de todos los creyentes es una base importante para este principio.
- La libertad bíblica es el principio de reconocer la autoridad de las Escrituras y el derecho de cada cristiano a interpretarlas como el Espíritu Santo le indique.
- La libertad de iglesia es la idea de que cada iglesia local es autónoma y está facultada para elegir a sus propios líderes y dirigir sus propios asuntos.
- La libertad religiosa es el principio de separación de la iglesia y el estado. La FEBIC apoya este principio mediante su afiliación al Comité Conjunto Bautista para la Libertad Religiosa.
La FEBIC afirma que la Biblia enseña que hay un solo Dios verdadero que creó a todas las personas. A causa del pecado, la humanidad está separada de Dios, pero puede ser salvada y redimida por medio de Jesucristo. El Espíritu Santo convence y convierte a los que creen en Cristo y capacita a la Iglesia para cumplir su misión. Los miembros de la FEBIC están de acuerdo en que cada cristiano y cada iglesia están llamados a cumplir la Gran Comisión, a compartir el evangelio de Jesucristo y a atender las necesidades espirituales, físicas y sociales de las personas y las comunidades.
La afirmación de las mujeres en el ministerio fue uno de los principios fundadores de la Fraternidad. La mayoría de los miembros de la FEBIC están de acuerdo en que tanto hombres como mujeres pueden ser ordenados como ministros o diáconos y servir como pastores de iglesias. En cuanto a las cuestiones sociales, la FEBIC no emite declaraciones de posición. Los miembros de la FEBIC están de acuerdo en que, al ser una comunidad de iglesias autónomas, emitir declaraciones estaría fuera de su propósito. Sin embargo, tiene una política organizativa sobre el comportamiento homosexual. Sin embargo, las políticas de la FEBIC no son vinculantes para las congregaciones individuales, que toman sus propias decisiones con respecto a cualquier cuestión; tampoco se puede excluir a una congregación de la FEBIC por no estar de acuerdo con los valores o políticas fundamentales. Por ejemplo, la Iglesia Bautista del Calvario de Lexington, KY, una de las principales congregaciones miembros de la FEBIC, permite a los homosexuales servir en el liderazgo, incluido el diaconado de la iglesia, y la Iglesia Bautista del Calvario de DC, otra congregación miembro, celebra matrimonios entre personas del mismo sexo. Además, la FEBIC copatrocinó una conferencia sobre sexualidad e inició el «‘Proyecto de Iluminación’ aprobado por la Junta de Gobierno (anteriormente el Consejo de Coordinación) para desarrollar modelos para que la comunidad de la Fraternidad airee las diferencias no sólo sobre la prohibición de la contratación sino también sobre otros temas candentes que dividen a las iglesias, las denominaciones y la sociedad».