Tradicionalmente los compuestos de clatratos se refieren a huéspedes poliméricos que contienen invitados moleculares. Más recientemente, el término se refiere a muchos huéspedes moleculares, incluyendo calixarenos y ciclodextrinas e incluso algunos polímeros inorgánicos como las zeolitas. El mineral natural de sílice, la chibaita, se describió en Japón en 2008.
Muchos clatratos se derivan de estructuras orgánicas con enlaces de hidrógeno. Estas estructuras se preparan a partir de moléculas que se «autoasocian» mediante múltiples interacciones de enlace de hidrógeno. Los clatratos más famosos son los de metano, en los que el marco de enlace de hidrógeno es aportado por el agua y las moléculas invitadas son el metano. Existen grandes cantidades de metano congelado de forma natural en forma de permafrost y bajo el lecho marino del océano. Otras redes con enlaces de hidrógeno se derivan de la hidroquinona, la urea y la tiourea. Una molécula huésped muy estudiada es el compuesto de Dianin.
Los compuestos de Hofmann son polímeros de coordinación con la fórmula Ni(CN)4-Ni(NH3)2. Estos materiales cristalizan con invitados aromáticos pequeños (benceno, ciertos xilenos), y esta selectividad se ha explotado comercialmente para la separación de estos hidrocarburos. Los marcos orgánicos metálicos (MOF) forman clatratos.
Se han examinado compuestos enjaulados fotolíticamente sensibles como contenedores para liberar un fármaco o reactivo.