El 12 de julio de 1806, al firmar el Tratado de la Confederación del Rin (en alemán: Rheinbundakte) en París, 16 estados alemanes se unieron en una confederación (el tratado la denominó états confédérés du Rhinelande, con un precursor en la Liga del Rin). El «Protector de la Confederación» era un cargo hereditario del Emperador de los franceses, Napoleón. El 1 de agosto, los miembros de la confederación se separaron formalmente del Sacro Imperio Romano Germánico, y el 6 de agosto, tras un ultimátum de Napoleón, Francisco II declaró disuelto el Sacro Imperio Romano Germánico. Francisco y su dinastía de los Habsburgo continuaron como emperadores de Austria.
De acuerdo con el tratado, la confederación debía ser dirigida por órganos constitucionales comunes, pero los estados individuales (en particular los más grandes) querían una soberanía ilimitada. En lugar de un jefe de Estado monárquico, como había tenido el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, su cargo más alto fue ocupado por Karl Theodor von Dalberg, el antiguo archicanciller, que ahora llevaba el título de Príncipe-Primado de la confederación. Como tal, era presidente del Colegio de Reyes y presidía la Dieta de la Confederación, concebida como un órgano similar a un parlamento, aunque nunca llegó a reunirse. El Presidente del Consejo de los Príncipes era el Príncipe de Nassau-Usingen.
A cambio de su apoyo a Napoleón, algunos gobernantes recibieron estatus más elevados: Baden, Hesse, Cleves y Berg se convirtieron en grandes ducados, y Württemberg y Baviera en reinos. También se ampliaron varios estados miembros con la absorción de los territorios de los condes y caballeros imperiales que se mediatizaron en esa época. Sin embargo, tuvieron que pagar un precio muy alto por su nuevo estatus. La Confederación era sobre todo una alianza militar; los estados miembros debían mantener importantes ejércitos para la defensa mutua y abastecer a Francia con un gran número de personal militar. Tal y como se desarrollaron los acontecimientos, los miembros de la confederación se encontraron más subordinados a Napoleón de lo que habían estado a los Habsburgo cuando estaban dentro del Sacro Imperio Romano Germánico.
Después de que Prusia perdiera ante Francia en 1806, Napoleón engatusó a la mayoría de los estados secundarios de Alemania para que se unieran a la Confederación del Rin. Con el tiempo, otros 23 estados alemanes se unieron a la Confederación. En 1808, la Confederación alcanzó su máximo esplendor con 36 estados: cuatro reinos, cinco grandes ducados, trece ducados, diecisiete principados y las ciudades de la Hansa Libre de Hamburgo, Lübeck y Bremen. La orilla occidental del Rin y el Principado de Erfurt habían sido anexionados directamente por el Imperio francés. Así, como emperador de los franceses o protector de la Confederación del Rin, Napoleón era ahora el señor de toda Alemania, excepto Austria, Prusia, el Holstein danés y la Pomerania sueca, además de la anteriormente independiente Suiza, que no estaban incluidos en la Confederación.
En 1810 grandes partes de lo que hoy es el noroeste de Alemania se anexionaron rápidamente a Francia para controlar mejor el embargo comercial con Gran Bretaña, el Sistema Continental.
La Confederación del Rin se derrumbó en 1813, a raíz de la fallida invasión de Napoleón al Imperio Ruso. Muchos de sus miembros cambiaron de bando tras la batalla de Leipzig, cuando se hizo evidente que Napoleón perdería la Guerra de la Sexta Coalición.