A finales del siglo XIII, aparecieron confederaciones de ciudades, con el objetivo de apoyar la seguridad pública y proporcionar seguridad frente al bandolerismo desenfrenado, siendo la primera confederación la de varias ciudades (Poznań, Pyzdry, Gniezno y Kalisz en la Gran Polonia) en 1298. A mediados del siglo XIV surgieron confederaciones de la nobleza, dirigidas contra las autoridades centrales, siendo la primera confederación de este tipo la de 1352. Durante los interregnos, las confederaciones (esencialmente comités de vigilancia) se formaban para sustituir a la inactiva corte real, proteger el orden interno y defender al país de los peligros externos. Las confederaciones, como derecho de revolución, fueron reconocidas en la legislación polaca a través de los artículos Henricianos (1573), parte del pacta conventa jurado por cada rey polaco desde 1576. En ellos se establecía (en el articulus de non praestanda oboedientia, una norma de 1501 del Privilegio de Mielnik) que si el monarca no reconocía o abusaba de los derechos y privilegios de la nobleza (szlachta), los nobles dejarían de estar obligados a obedecerle y tendrían el derecho legal de desobedecerle.
Con el inicio del siglo XVII, las confederaciones se convirtieron en un elemento cada vez más significativo de la escena política de la Commonwealth. En los siglos XVII y XVIII, las confederaciones estaban organizadas por los magnates, y eran pro o antirreales. Una confederación no reconocida por el rey se consideraba una rokosz («rebelión»), aunque algunas de las rokosz acabarían siendo reconocidas por el rey, que incluso podía unirse a ellas. La mayoría de las confederaciones pro-reales se formaban normalmente como respuesta a una confederación anti-real, y algunas adoptaban la forma de una sesión extraordinaria del parlamento (sejm), como ocurrió en 1710, 1717 y 1735.
Las confederaciones se formaban normalmente en una parte del país, y podían expandirse hasta convertirse en «confederaciones generales» que abarcaban la mayoría o la totalidad de las voivodías de la Mancomunidad Polaco-Lituana. Sin embargo, incluso estas confederaciones generales se formaban por separado para la Corona del Reino de Polonia y para el Gran Ducado de Lituania.
Cada confederación tenía un documento clave que explicaba sus objetivos, conocido como el acta de la confederación, que se depositaba en el tribunal (normalmente el tribunal local de la región en la que se formaba la confederación). Las resoluciones adicionales de los confederados, conocidas como sanctia, también se depositaban en el tribunal. La pertenencia a la confederación era voluntaria y requería un juramento. El poder ejecutivo de una confederación estaba encabezado por un mariscal y un grupo de asesores, conocidos como konsyliarz konfederacji. Un mariscal y los konsyliarze asociados se conocían como una generalidad (generalność). Una confederación también tendría un consejo más amplio, similar a un parlamento (walna rada), que tomaba las decisiones por mayoría. Hasta aproximadamente mediados del siglo XVIII, las resoluciones del consejo debían ser unánimes, pero después, la votación por mayoría se hizo más común. Los jefes militares de las confederaciones eran conocidos como regimentarze.
También en el siglo XVIII evolucionó una institución conocida como «sejm confederado». Se trataba de una sesión del parlamento (sejm) que funcionaba bajo las reglas de una confederación. Su objetivo principal era evitar la interrupción por el veto del liberum, a diferencia del Sejm nacional, paralizado por el veto durante este periodo. En algunas ocasiones, se formaba un sejm confederado con todos los miembros del Sejm nacional, para que el veto del liberum no operara en él.
Las confederaciones fueron proscritas por ley en 1717, pero siguieron funcionando, indicando una debilidad de la autoridad central de la Mancomunidad. También fueron abolidas por la Constitución del 3 de mayo de 1791 (adoptada por el Sejm cuatrienal de 1788-1792, a su vez un sejm confederado). Pero en la práctica esta prohibición no se cumplió. La Constitución del 3 de mayo fue derrocada a mediados de 1792, por la Confederación Targowica de magnates polacos respaldada por el Imperio Ruso y a la que finalmente se unió, bajo extrema presión, el rey Stanisław II August. La consiguiente intervención militar rusa condujo (para sorpresa de los confederados) a la Segunda Partición de Polonia en 1793. En 1812 se formó en Varsovia la Confederación General del Reino de Polonia para la campaña de Napoleón I contra el Imperio Ruso.