Como resultado de esta victoria, Esparta derrotó a los atenienses y así intentó forjar su propio imperio en el Egeo. Su relación con Persia se deterioró y comenzó a asaltar las satrapías de Farnabacio y Tisferno en Anatolia. Hacia el año 397 a.C., Farnabacio había convencido al rey persa Artajerjes para que prosiguiera la guerra por mar, y levantó una flota de 300 barcos fenicios y chipriotas. En número serían abrumadores, pero necesitaban un comandante experimentado, y así encontraron a Conón en Chipre, que estaba encantado de tener la oportunidad de vengarse de los peloponesos.
Primero Conón se dirigió a Caria con una pequeña parte de la flota, donde fue bloqueado durante un tiempo, pero luego fue rescatado por Farnabacio y Tisfernes. Luego se dirigió a Rodas, donde la oligarquía espartana fue sustituida por una democracia, y consiguió capturar los suministros de alimentos que se enviaban desde Egipto. En respuesta a esto, los espartanos decidieron enviar su armada, pero cometieron el error de confiarla a Peisandro, que no tenía experiencia. La batalla tuvo lugar en Cnidus en el 394 a.C., y fue un éxito persa fácil y abrumador. Las ciudades del Egeo expulsaron a las guarniciones espartanas y aceptaron el dominio persa.
Después de este éxito, Conón consideró que era seguro que regresara a Atenas. Farnabazus le permitió conservar parte de la flota y le proporcionó dinero para la fortificación del Pireo y la reconstrucción de las largas murallas que lo unían a Atenas. Con estas acciones se deshacían algunos de los principales resultados de la Guerra del Peloponeso: Atenas recuperaba su posición como potencia principal en Grecia y, aunque seguía perdiendo su imperio, se había impedido que Esparta se apoderara de él.
Al año siguiente los espartanos habían iniciado negociaciones con los persas y, para asegurar su posición en Grecia, les ofrecieron entregarles todas las ciudades de Anatolia. Los atenienses enviaron delegados (entre los que se encontraba Conón) para anunciar que esto era inaceptable, lo que Tiribacio entendió como que aún esperaban recuperar su imperio y, indignado por este giro, los encarceló, a Conón entre ellos. Los escritores antiguos ofrecen relatos contradictorios sobre su final: algunos afirman que fue enviado al interior de Asia y condenado a muerte; otros relatos, probablemente más probables, registran que se retiró a Chipre y murió allí. Su hijo Timoteo se convirtió más tarde en otro destacado general.