Las formas de aislamiento más antiguas conocidas son las mencionadas en el Pentateuco (Biblia) hace más de 3400 años, especialmente en el caso de la lepra. Hipócrates y Galeno en el siglo V a.C. aconsejaban ‘Cito, Longe, Tarde’, queriendo decir ‘vete rápido, vete lejos y tarda en regresar’.
A partir de los siglos XIII y XIV crecen las formas de aislamiento. Las personas infectadas fueron separadas para evitar la propagación de la enfermedad entre los antiguos israelitas bajo la ley mosaica, como se establecía en el Antiguo Testamento.
Venecia tomó el liderazgo en medidas sanitarias para controlar la propagación de plagas, habiendo nombrado a tres guardianes de la salud pública en los primeros años de la peste negra (1348). La palabra «cuarentena» se origina de la frase italiana quaranta giorni, que significa ‘cuarenta días’. Su uso con los barcos determinó su nombre, aunque no se basa en una razón científica. En la mayoría de las enfermedades el período de incubación es menor a cuarenta días salvo contadas excepciones como la mononucleosis infecciosa o el Kuru.
En la época actual, el temor a la contaminación al regresar de la Luna (una contaminación interplanetaria) fue el principal motivo de los procedimientos de cuarentena adoptados para el programa de la primera misión del Programa Apolo. Los astronautas y las muestras lunares fueron puestos en cuarentena en el Laboratorio de Recepción Lunar. Igualmente para las muestras de una futura misión de retorno de Marte, existe el protocolo de cuarentena para cualquier muestra proveniente de Marte, que se llevaría a cabo en un laboratorio de bioseguridad de nivel 4, conocido como el Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).