Informes recientes indican que los números de la población del cocodrilo cubano están mostrando signos de recuperación; la población en la ciénaga de Zapata se estima entre 3.000 y 6.000 individuos.
Hay dos amenazas principales: la caza y la hibridación, especialmente con el cocodrilo americano, que limita la reserva genética pura de esta especie. La caza ha aumentado considerablemente desde la década de 1990 hasta la actualidad y sirve principalmente a la industria turística o al consumo local. La hibridación se sospecha desde hace tiempo, pero no se conoce bien. Estudios genéticos recientes aportan pruebas de que se está produciendo una amplia hibridación en la naturaleza. Hay una población cautiva en dos zonas (en la Ciénaga de Zapata y en la Ciénaga de Lanier), pero también se sospecha que hay animales híbridos en estas poblaciones. Ninguna de estas amenazas se ha resuelto.
Esta especie está incluida en el Apéndice I de CITES. También existen medidas directas de conservación, como programas de cría en cautividad, reintroducciones y zonas protegidas. Sigue habiendo caza ilegal, por lo que es necesaria una mayor gestión de las capturas para reducir la tasa de disminución de la población que se está produciendo actualmente.
Se están adoptando medidas activas para garantizar que las dos poblaciones existentes sigan estando bien protegidas, pero otra importante prioridad de conservación es el establecimiento de una población silvestre alternativa.