Reestructuración política
Un gran problema para Gorbachov era que no había acuerdo en la cúpula sobre lo que debían conseguir la perestroika, la glasnost y la democratización. Los reformistas radicales, Gorbachov, Yakovlev y Shevardnadze, se vieron superados por los reformistas moderados, Ligachev, Ryzhkov y otros. El problema se agravó por la aparente falta de claridad en el pensamiento del propio Gorbachov. Nunca fue capaz de construir un objetivo coherente y los medios para alcanzarlo. Sus frustraciones con el aparato del partido le llevaron a formular una solución muy radical: castrarlo. Quería excluirlo de la gestión cotidiana de la economía y acabar con su dominio sobre la legislatura estatal y los asuntos del partido. El secretariado había sido el cerebro del partido, y todas las decisiones clave se habían tomado allí. Gorbachov quería acabar con el dominio de los funcionarios del partido sobre los soviets. Lo consiguió en la 19ª Conferencia del Partido, en junio de 1988. El partido perdió así su papel dominante en el centro del proceso político, pero se vengó de Gorbachov consolidando su poder en la periferia, donde los débiles soviets no eran rival para él. Por lo tanto, se produjo un flujo centrífugo de poder desde el centro hacia la periferia. Este proceso estaba en marcha desde la muerte de Stalin, y la destitución de Jruschov había subrayado la influencia de los funcionarios locales del partido. La era de Brezhnev aumentó aún más el flujo de poder hacia la periferia.
Las elecciones al Congreso de Diputados del Pueblo de la U.R.S.S., que sustituyó al Soviet Supremo de la U.R.S.S. como máximo órgano del poder estatal, tuvieron lugar en marzo de 1989. Cerca del 88% de los diputados eran comunistas, pero para entonces el Partido Comunista ya no era un partido monolítico. El congreso eligió de entre sus miembros una legislatura bicameral (llamada Soviet Supremo), cada cámara con 271 miembros. Gorbachov presidió los trabajos. Boris Yeltsin se convirtió en miembro del Soviet Supremo después de que otro diputado dimitiera en su favor. Yeltsin había sido destituido como líder del partido en Moscú y como miembro del Politburó en noviembre de 1987 tras una furiosa disputa con Ligachev. Gorbachov decidió no apoyarle. Así comenzó la lucha titánica entre Gorbachov y Yeltsin que acabaría con la destrucción política de Gorbachov. Como diputado, Yeltsin tuvo por primera vez una plataforma nacional y la utilizó con gran habilidad. Los principales focos de sus ataques fueron los privilegios del partido, la falta de éxito de la perestroika, la necesidad de reformas de mercado y las críticas personales al liderazgo de Gorbachov.
El nuevo patrón en la cima se repitió en cada república. Se eligieron congresos y de ellos surgieron los Soviets Supremos. Las elecciones de los soviets locales también se celebraron a principios de 1990 y dieron lugar a muchos sobresaltos. Los funcionarios comunistas, animados por Gorbachov a presentarse, fueron a menudo derrotados incluso cuando se presentaban como únicos candidatos. Para ser elegido, un diputado necesitaba más del 50% de los votos emitidos. La glasnost permitió a las nacionalidades no rusas expresar su oposición a la dominación rusa y comunista y condujo a un crecimiento del nacionalismo y el regionalismo. Esto se vio exacerbado por el declive económico. En las repúblicas bálticas, especialmente, muchos argumentaron que podían gestionar sus asuntos económicos mejor que Moscú. Las luchas y los conflictos interétnicos se intensificaron y a veces desembocaron en un derramamiento de sangre. El conflicto de Nagorno-Karabaj, un enclave dominado por los armenios en Azerbaiyán, fue el más violento y amargo. Los recién elegidos Sóviets Supremos podían pretender hablar en nombre de la población. Esto fue especialmente cierto en el Báltico. La política multipartidista se legitimó en 1990, cuando se eliminó el artículo 6 de la constitución, que había garantizado el monopolio comunista. En el clima receptivo de la glasnost y la democratización surgieron cientos, incluso miles de asociaciones informales y luego partidos. Los frentes populares, sobre todo en el Báltico, unieron a todos los que se oponían al gobierno de Moscú y buscaban la independencia. Como estos frentes dominaban los Soviets Supremos, podían aprobar declaraciones de soberanía. En marzo de 1990, Lituania fue más allá y se declaró independiente. En mayo de 1990 Yeltsin se convirtió, a pesar de la enconada oposición de Gorbachov, en presidente del Soviet Supremo ruso. Al mes siguiente, la R.S.F. de Rusia se declaró Estado soberano. Afirmó que sus leyes tenían prioridad sobre las leyes soviéticas. Gorbachov lo invalidó. Esta fue la pauta en todas las repúblicas que se declararon soberanas. Se conoció como la «guerra de leyes». Como consecuencia, la supervivencia de la URSS se convirtió en un problema.
Gorbachov pronto se cansó del «nuevo aspecto» del Soviet Supremo de la URSS y echó la red aún más amplia en su búsqueda de un modelo. Finalmente eligió una presidencia ejecutiva basada en una mezcla de las presidencias estadounidense y francesa. Siguiendo la costumbre estadounidense, necesitaba un vicepresidente. Lamentablemente, eligió a Gennady Yanayev, ya que el líder kazajo Nursultan Nazarbayev y Shevardnadze rechazaron el puesto. El Consejo de Ministros de la URSS fue abolido y sustituido por un gabinete de ministros subordinado al presidente. Sobre el papel, Gorbachov había logrado su ambición: era el principal responsable de las decisiones y, de hecho, un dictador constitucional. Su autoridad, o su capacidad para tomar decisiones, nunca había sido mayor. Sin embargo, el poder que acompaña al cargo de presidente en Estados Unidos y Francia no le fue transmitido. Su poder o capacidad para hacer que sus decisiones se aplicaran disminuía cada día.
El impulso de la reforma procedía de la parte políticamente activa del Partido Comunista y de la sociedad. Sin embargo, la oposición a la perestroika fue más feroz entre el mismo grupo. Los reformistas sabían que el partido y el aparato estatal eran maestros en el bloqueo de reformas que percibían como contrarias a sus intereses. La única manera de sacar adelante una reforma era utilizar un ariete. Durante los tres primeros años, Gorbachov lanzó una serie de reformas. Cada vez que encontraba la oposición de los conservadores del partido, retrocedía y buscaba otra vía para avanzar. Según Yakovlev, uno de los arquitectos de la perestroika y su principal teórico, la revolución desde arriba llegó a un punto crítico en la XIX Conferencia del Partido, en junio de 1988. Allí se le presentó a Gorbachov una dura elección: avanzar y transformar la perestroika en una «revolución democrática genuinamente popular, llegar hasta el final y ofrecer a la sociedad una libertad total» o retroceder, seguir siendo un reformista comunista y permanecer en el conocido entorno de la burocracia. Yakovlev veía varios peligros a los que se enfrentaba la perestroika: podía ser asfixiada por la reacción estalinista o el conservadurismo de Brezhnev, o ser secuestrada por los funcionarios que vociferaban sus eslóganes mientras redistribuían el poder entre ellos. Había que elegir entre una democracia auténtica o una democracia controlada. A principios de 1988, Fyodor Burlatsky era miembro de un pequeño grupo presidido por Anatoly Lukyanov. Este último propuso un enfoque en dos fases para la elección de un Soviet Supremo. La autoridad legal debía recaer en los soviets locales, pero la relación entre el partido y los soviets quedaba imprecisa. Burlatsky propuso la elección directa del Soviet Supremo, del presidente y del vicepresidente, pero todo el mundo se opuso, excepto Yakovlev. Gorbachov podría haber llevado a cabo una revolución política, pero, fiel a su estrategia de bajo riesgo, eligió la propuesta de Lukyanov. Este fue un error fatal. Si Gorbachov se hubiera presentado a las elecciones presidenciales, podría haber ganado. Se habría convertido en el presidente del pueblo. En cambio, se hizo elegir por el Congreso de Diputados del Pueblo de la URSS, un órgano dominado por los comunistas. Por desgracia, Gorbachov abrió la caja de Pandora. Las fuerzas sociales y políticas despertadas por la perestroika no podían ser reguladas desde arriba. Si Gorbachov no las reclamaba como su circunscripción, lo harían otros. El Partido Comunista se resistió a la marcha hacia la democracia y perdió a sus miembros más radicales. Estos crearon sus propios grupos y desafiaron al partido frontalmente. Boris Yeltsin surgió como el líder más probable de la circunscripción radical. Su elección como presidente del parlamento ruso en mayo de 1990 resultó ser un punto de inflexión para Gorbachov. Yeltsin se convirtió en un polo de atracción para los reformistas frustrados y radicales, especialmente los económicos. Los mayores errores de Gorbachov se cometieron en la política económica.