El establecimiento del sistema
Los antepasados de Tokugawa Ieyasu, el fundador del bakufu de Edo, eran los Matsudaira, una familia daimyo del Sengoku procedente de la región montañosa de la provincia de Mikawa (en la actual prefectura de Aichi) que había construido su base como daimyo avanzando hacia las llanuras de Mikawa. Pero cuando fueron atacados y derrotados por la poderosa familia Oda del oeste, el padre de Ieyasu, Hirotada, fue asesinado. Ieyasu había sido enviado antes a la familia Imagawa como rehén para cimentar una alianza, pero había sido capturado en el camino por la familia Oda. Tras la muerte de su padre, Ieyasu fue enviado a la familia Imagawa y pasó allí 12 años detenido. Cuando, en 1560, Oda Nobunaga destruyó a la familia Imagawa en la batalla de Okehazama, lanzándolo a su curso de unificación, Ieyasu fue finalmente liberado. Ieyasu regresó a Okazaki, en Mikawa, y puso esta provincia bajo su control. Como aliado de Oda, protegió la retaguardia para el avance sobre Kyōto, y a partir de entonces libró sus propias campañas militares, avanzando constantemente hacia el este. En 1582 era un poderoso daimyo, que poseía, además de su provincia natal de Mikawa, las cuatro provincias de Suruga y Tōtōmi (actual prefectura de Shizuoka), Kai (prefectura de Yamanashi) y el sur de Shinano (prefectura de Nagano).
Cuando Hideyoshi tomó el poder, Ieyasu se opuso al principio. Pero luego se sometió y, llegando a ser el daimyo más poderoso entre los vasallos de Hideyoshi, se convirtió en jefe de los cinco tairō (ministros principales), los más altos funcionarios del régimen de Hideyoshi. Tras la muerte de Hideyoshi, los daimyo se dividieron entre los que apoyaban a Hideyori y los que estaban del lado de Ieyasu. Las cosas llegaron a un punto crítico en la batalla de Sekigahara en 1600, donde Ieyasu obtuvo una victoria decisiva y estableció su supremacía nacional. Ieyasu había visto el fracaso tanto de Nobunaga como de Hideyoshi para consolidar un régimen duradero, y en 1603 creó el bakufu de Edo (más conocido como el shogunato Tokugawa ) para legalizar esta posición. Asumiendo el título de shogun, ejerció en esta época un firme control sobre los restantes daimyo. Con el pretexto de asignar recompensas después de Sekigahara, despojó, redujo o transfirió a un gran número de daimyo que se le oponían. Sus tierras confiscadas las entregó a sus parientes y a los criados de la familia Tokugawa para que se establecieran como daimyo y aumentaran sus posesiones, o las reservó como dominios de la casa Tokugawa. Además, el hijo y heredero de Hideyoshi, Hideyori, fue reducido a la posición de daimyo del distrito de Kinki (zona de Ōsaka). Dos años después del establecimiento del bakufu, Ieyasu cedió el cargo de shogun a su hijo Hidetada, retirándose a Sumpu (actual ciudad de Shizuoka) para dedicarse a fortalecer los cimientos del bakufu. En 1615 Ieyasu asaltó y capturó el castillo de Ōsaka, destruyendo a Hideyori y a la familia Toyotomi. Inmediatamente después, se promulgaron las Leyes para las Casas Militares (Buke Shohatto) y las Leyes para los Funcionarios Imperiales y de la Corte (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto) como base legal para el control del bakufu sobre los daimyo y la corte imperial. En 1616 murió Ieyasu, habiéndose establecido ya la sucesión.
Bajo el segundo y tercer shogun, Hidetada y su sucesor, Iemitsu, la política de control del bakufu avanzó aún más hasta que el sistema bakuhan -el sistema de gobierno del shogunato Tokugawa; literalmente una combinación de bakufu y han (el dominio de un daimyo)- alcanzó su plenitud. Con las reorganizaciones de 1633-42 el ejecutivo del gobierno del bakufu estaba casi completo, representado por los cargos de consejeros mayores (rōjū), consejeros menores (wakadoshiyori) y tres comisionados (bugyō) para los templos y santuarios del país, la capital del shogun y la tesorería del bakufu. Continuaron las confiscaciones y reducciones de dominios, y también se produjeron transferencias a gran escala de daimyo, distribuyendo los distritos estratégicos de Kantō, Kinki y Tōkaidō entre los daimyo que eran parientes y retenedores del bakufu, manteniendo así a raya a los señores «externos» (tozama). Junto con la reordenación de los daimyo, las tierras bajo el control directo del bakufu también se incrementaron en puntos clave del país. Las ciudades más importantes -Kyōto, Ōsaka y Nagasaki- y las minas (en particular, la isla de Sado) también se pusieron bajo la administración directa del bakufu y se utilizaron para controlar el comercio, la industria y los intercambios.
El bakufu también revisó las Leyes para las Casas Militares y estableció un sistema llamado sankin kōtai (asistencia alternativa), por el que los daimyo debían realizar visitas ceremoniales a Edo cada dos años, mientras sus esposas e hijos residían permanentemente en Edo como rehenes. El sistema también obligaba a los daimyo -especialmente a los tozama, potencialmente peligrosos, que vivían más lejos- a gastar grandes sumas de dinero para mantener dos estructuras administrativas distintas y viajes de ida y vuelta a Edo. Además, los daimyo se veían obligados a colaborar en obras públicas como la construcción de castillos en los dominios del bakufu, por lo que se veían en dificultades financieras. Los dominios del bakufu de los Tokugawa sumaban ya más de siete millones de koku, aproximadamente una cuarta parte de todo el país. De estas tierras, más de cuatro millones de koku estaban bajo su control directo, y tres millones de koku se distribuían entre los hatamoto y los gokenin, los vasallos señoriales del bakufu. Además, como el bakufu declaraba el monopolio del comercio exterior y era el único que tenía derecho a emitir moneda, disponía de recursos financieros considerablemente mayores que los daimyo. En cuanto a la fuerza militar, también era mucho más poderoso que cualquier daimyo individual.
Al mismo tiempo que la organización estructural del bakufu como poder supremo, la administración del dominio (hansei) del daimyo también fue tomando forma. La relación entre el shogun y el daimyo era la de señor y vasallo, basada en el sistema feudal chigyō. En teoría, la tierra pertenecía al shogun, que la repartía entre los señores como un favor especial, o go-on. Para alcanzar el rango de daimyo, un guerrero debía controlar tierras que produjeran al menos 10.000 koku. A cambio, el daimyo tenía la obligación de prestar servicios militares y de otro tipo al shogun. Precisamente la misma conexión existía entre los señores de los dominios y sus criados; y para que los daimyo se concentraran y fortalecieran su dominio, era necesario que estrecharan esta conexión. Para restringir el derecho tradicional de sus vasallos a los chigyō, o subdominios, los daimyo los recompensaban en cambio con estipendios de arroz (kuramai), aumentando así su dependencia del daimyo. Al mismo tiempo, esta política aumentó las tierras bajo el control directo del daimyo, fortaleciendo la base económica del dominio. Así, el daimyo empleaba los mismos métodos hacia sus propios vasallos que los que el bakufu utilizaba para controlarlos. De este modo, se estableció un régimen jerárquico, «feudal», mediante el sistema kokudaka, que se extendía desde el shogun, pasando por el daimyo, hasta sus criados.
El control sobre la población agrícola se reforzó ahora aún más. La encuesta sobre la tierra de Taikō había reconocido los derechos de los campesinos como verdaderos cultivadores de la tierra y los hizo responsables de los impuestos. Con una intención similar, los catastros del bakufu y del daimyo eran mucho más detallados y precisos, preocupados, como estaban, por extraer el mayor rendimiento fiscal posible. Las aldeas de los Tokugawa se diferenciaban así de las de épocas anteriores, que habían sido controladas por los terratenientes locales o myōshu. Las aldeas Tokugawa estaban compuestas por un núcleo principal de pequeños agricultores, generalmente llamados hyakushō. Como las aldeas eran ahora unidades administrativas del nuevo régimen, se estableció un sistema de tres niveles de funcionarios de aldea -nanushi (o shōya), kumigashira y hyakushōdai- para llevar a cabo sus funciones. Los habitantes de las ciudades y aldeas de todo el país debían formar gonin-gumi («grupos de cinco hogares»), o asociaciones de vecinos, para fomentar la responsabilidad conjunta en el pago de impuestos, evitar las ofensas a las leyes de sus señores, prestarse ayuda mutua y vigilarse en general. Los controles económicos sobre los campesinos se reforzaron aún más. Se les prohibió estrictamente comprar, vender o abandonar sus tierras o cambiar de ocupación; también se impusieron minuciosas restricciones a su vestimenta, alimentación y vivienda. El Keian no Ofuregaki («Proclamaciones de la era Keian»), promulgado por el bakufu en 1649, era un compendio de las políticas del bakufu diseñadas para controlar la administración rural.