En 1831, el padre Patrick O’Kelly llegó para atender a los colonos irlandeses de la zona de Washtenaw. La primera misa en Ann Arbor se celebró en una casa particular el 12 de julio de 1835, y ese año se iniciaron los esfuerzos para erigir una iglesia permanente. Su sucesor, el padre Thomas Cullen, compró un terreno en la calle East Kingsley, cerca de la calle Division, en 1842, y en él se construyó la primera iglesia, la primera de ladrillo de Ann Arbor. No se dedicó hasta 1845, ya que el obispo Lefevre no dedicaba las iglesias hasta que estuvieran libres de deudas.
El cementerio de la iglesia, en North Main Street, se adquirió en 1843, pero no se consagró hasta 1878. En 1868, la parroquia adquirió una antigua escuela pública al final de la calle y abrió su escuela parroquial, St. Thomas the Apostle School, que celebró su sesquicentenario en 2018.
El padre Edward D. Kelly se convirtió en párroco en 1891, y encontró que la iglesia existente era inadecuada para las necesidades de la parroquia. Comenzó a recaudar fondos en 1896 para la iglesia actual, que fue dedicada en 1899 y terminada en 1905. La rectoría de ladrillos amarillos se terminó en 1902, y un convento para las Hermanas del Inmaculado Corazón de María en la calle Elizabeth en 1911. A lo largo de los años, la parroquia patrocinó el primer hospital de Ann Arbor, así como otras dos parroquias católicas.
En 1977, los grados 9 a 12 se separaron de la Escuela Santo Tomás Apóstol y se convirtieron en la Escuela Secundaria Católica Padre Gabriel Richard, una institución independiente. que se trasladó a un nuevo campus en 2003.