Empezamos con una introducción a la biología relevante, explicando qué medimos y por qué. Luego nos centramos en las dos principales tecnologías de medición: la secuenciación de próxima generación y los microarrays. A continuación, pasamos a describir cómo se importan los datos en bruto y la información experimental a R y cómo utilizamos las clases de Bioconductor para organizar estos datos, ya sean generados localmente o recogidos de repositorios públicos o archivos institucionales. Las características genómicas se identifican generalmente utilizando intervalos en coordenadas genómicas, y se examinarán en detalle los algoritmos altamente eficientes para calcular con intervalos genómicos. Los métodos estadísticos para probar las hipótesis centradas en los genes o en las vías con datos a escala del genoma se encuentran en paquetes como limma, algunas de estas técnicas se ilustrarán en las conferencias y los laboratorios.
Dada la diversidad en la formación de nuestros estudiantes hemos dividido la serie en siete partes. Usted puede tomar toda la serie o cursos individuales que le interesan. Si son estadísticos deberían considerar saltarse los dos o tres primeros cursos, del mismo modo, si son biólogos deberían considerar saltarse algunas de las clases de introducción a la biología. Tengan en cuenta que los aspectos estadísticos y de programación de la clase aumentan su dificultad con relativa rapidez en los tres primeros cursos. En el tercer curso se enseñarán conceptos estadísticos avanzados, como los modelos jerárquicos, y en el cuarto las habilidades avanzadas de ingeniería de software, como la computación paralela y los conceptos de investigación reproducible.
Estos cursos conforman dos Certificados Profesionales y son de ritmo propio:
Análisis de Datos para las Ciencias de la Vida:
- PH525.1x: Estadística y R para las Ciencias de la Vida
- PH525.2x: Introducción a los modelos lineales y al álgebra matricial
- PH525.3x: Inferencia estadística y modelización para experimentos de alto rendimiento
- PH525.4x: Análisis de datos de alta dimensión
Análisis de datos genómicos:
- PH525.5x: Introducción a Bioconductor
- PH525.6x: Estudios de caso en genómica funcional
- PH525.7x: Bioconductor Avanzado
Esta clase fue apoyada en parte por la subvención R25GM114818 de los NIH.
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