Detalles de la presentación
Registrar un estudio y sujetos en dbGaP
Una visión general interactiva de la presentación de dbGaP puede encontrarse aquí.
El paquete de documentación de la presentación de dbGaP puede descargarse [
aquí.
Todas las preguntas relativas a esta etapa de presentación deben dirigirse a [email protected].
SRA: Envíe los metadatos de secuenciación al conservador de la SRA
Contacte con el personal de la SRA en [email protected] e indique la adhesión de su estudio (phs######) en el asunto (ayudará a asignar su asunto a la persona adecuada) y la SRA le proporcionará una hoja de cálculo de metadatos de secuenciación para que la complete y la devuelva.
La columna de muestras de la hoja de cálculo de metadatos de secuenciación se rellenará previamente con sus identificadores de dbGaP (la adhesión del estudio y los identificadores de muestras de dbGaP). Deberá completar la hoja de cálculo con los detalles técnicos requeridos y los nombres y las sumas de comprobación MD5 de los archivos de secuencias que subirá
Por favor, tenga en cuenta que cada library_id debe ser único, el título debe permitir a los usuarios identificar y distinguir sus secuencias, y la descripción del diseño debe ser una breve (1 a 3 frases) de materiales y métodos que describa cómo se preparó y secuenció la biblioteca. En la hoja de cálculo se ofrecen instrucciones y descripciones adicionales. Por favor, proporcione la descripción del diseño como texto de una sola línea sin nuevas líneas o caracteres especiales.
SRA: Transfiera los archivos de secuencia a la cuenta protegida de la SRA
Un conservador de la SRA le ayudará con la carga de los archivos una vez que su hoja de cálculo de metadatos de secuenciación haya sido completada y devuelta.
Suba los archivos de datos sólo a la cuenta de carga que se le proporcionó después de completar la hoja de cálculo de metadatos. Tendrá que:
- Generar un par de claves ssh.
- Proveer el archivo de clave pública (por ejemplo, *.pub) al NCBI.
- Utilizar
ascppara transferir los archivos.
Los remitentes deben utilizar el programa de línea de comandos ascp de Aspera para transmitir los archivos de datos. ascp está empaquetado con Aspera Connect, que está disponible en la página de descargas aquí: Aspera Connect Downloads.
Este programa es de uso gratuito para los remitentes que transmiten datos hacia y desde el NCBI. Compruebe con su equipo local de redes que la transferencia UDP está habilitada para el siguiente rango de IP: 130.14.\*.\* y 165.112.\*.\*. El cortafuegos también debe permitir el tráfico ssh de salida hacia el NCBI.
Pares de claves de Aspera
Los remitentes tendrán que generar pares de claves para utilizar la cuenta de carga de Aspera (consulte las instrucciones que aparecen a continuación para crear un par de claves en diferentes sistemas operativos).
Envíe sólo la clave pública al conservador de la SRA que asiste actualmente para recibir el acceso a la cuenta de carga [email protected].
Linux/Unix y OS X
Los usuarios de Linux/Unix y OS X pueden utilizar la utilidad de línea de comandos ssh-keygen.
La siguiente línea de comandos crea una clave privada (mykey) y una clave pública (mykey.pub) en el directorio de trabajo actual:
PuTTYgen para Windows
Las instrucciones para descargar y utilizar PuTTYgen para la generación de pares de claves se pueden encontrar en la guía más detallada aquí: Aspera Keys.
Uso de la línea de comandos de Aspera
Una vez que su clave ha sido añadida y se le ha concedido acceso, puede subir sus archivos a través de ascp.
Un ejemplo de comando ascppara subir archivos dbGaP:
Donde:
-
<directory>estestoprotected. -
<key file>es un archivo de clave privada (debe utilizarse la ruta de acceso completa).
No configure la opción -T para las transferencias protegidas.
Confirme la recepción de los datos
Una vez que se hayan cargado todos los archivos y metadatos, confirme con su curador de la SRA que la parte de la SRA de su envío de dbGAP está completa. El conservador puede proporcionar un informe de los archivos que se han cargado. También hay un informe nocturno por muestras proporcionado en el sitio web de dbGaP. Cambie la accesión phs000000 en la dirección de abajo a su estudio para el informe. Para el informe en formato XML cambie rettype=html por rettype=xml.