El tratamiento de elección es el trimetoprim-sulfametoxazol (TMP-SMX), o Bactrim*, Septra* o Cotrim*. El régimen típico para adultos inmunocompetentes es TMP 160 mg más SMX 800 mg (un comprimido de doble potencia), por vía oral, dos veces al día, durante 7-10 días. Los pacientes infectados por el VIH pueden necesitar tratamientos más prolongados.
Aún no se han identificado alternativas muy eficaces para las personas alérgicas (o intolerantes) al TMP-SMX. Los enfoques a considerar para estas personas incluyen la observación y el tratamiento sintomático, el uso de un antibiótico cuya eficacia contra la Cyclospora se basa en datos limitados, o la desensibilización al TMP-SMX. Este último enfoque debe considerarse sólo para pacientes seleccionados que requieran tratamiento, hayan sido evaluados por un alergólogo y no tengan una alergia que ponga en peligro su vida.
Datos anecdóticos o no publicados sugieren que los siguientes medicamentos son ineficaces: albendazol, trimetoprima (cuando se utiliza como agente único), azitromicina, ácido nalidíxico, tinidazol, metronidazol, quinacrina, tetraciclina, doxiciclina y furoato de diloxanida. Aunque los datos de un pequeño estudio entre pacientes infectados por el VIH en Haití sugirieron que la ciprofloxacina podría tener una modesta actividad contra la Cyclospora, la importante experiencia anecdótica entre muchas personas inmunocompetentes sugiere que la ciprofloxacina es ineficaz.
* El uso de nombres comerciales es sólo para la identificación y no implica la aprobación por el Servicio de Salud Pública o por el Departamento de Salud y Servicios Humanos de Estados Unidos.