6.3: Auxotrofit ja selektiiviset elatusaineet

Met-mutantit ovat met-auxotrofeja, mikä tarkoittaa, että ne eivät pysty kasvamaan elatusaineessa, joka ei sisällä met:tä. Auxotrofit ovat mikro-organismeja, jotka geenimutaation vuoksi eivät kykene syntetisoimaan jotakin välttämätöntä ravintoainetta. Monissa laboratoriokannoissa on useita mutaatioita, jotka häiritsevät välttämättömien ravintoaineiden synteesiä. Koska esimerkiksi BY4742-kannassa on mutaatioita HIS3-, LEU2-, LYS2- ja URA3-geeneissä, kanta kasvaa vain histidiinia, leusiinia, lysiiniä ja urasiilia sisältävässä elatusaineessa. Auxotrofisilla kannoilla on monia käyttötarkoituksia genetiikassa. Tutkijat käyttävät usein auxotrofisia kantoja isäntänä plasmiditransformaatiossa (luku 12). Transformaatioon käytettävät plasmidit kantavat funktionaalisia alleeleja geenistä, joka on viallinen isäntäkannassa, mikä mahdollistaa transformanttien valinnan sen perusteella, kuinka hyvin ne pystyvät kasvamaan väliaineessa, josta puuttuu välttämätön ravinne.

Synteettiset väliaineet ovat olennainen apuväline auxotrofisten kantojen viljelemisessä ja tutkimisessa, koska kaikki komponentit on määritelty. Hiivatutkijat ovat kehittäneet erilaisia koostumuksia synteettisiä väliaineita varten. Kaikki synteettiset väliaineet sisältävät hiililähteen (yleensä D-glukoosia), typenlähteen sekä välttämättömiä vitamiineja ja kivennäisaineita. Vitamiinit ja kivennäisaineet ostetaan yleensä
valmisteena, joka tunnetaan nimellä yeast nitrogen base (YNB). Synteettiseen elatusaineeseen lisättävät lisäaineet voidaan räätälöidä tukemaan tai estämään tiettyjen genotyyppien kasvua. Tällä kurssilla käytämme Yeast Complete (YC) -mediaa, joka tukee useimpien S. cerevisia -lajikkeiden kasvua. Villien kantojen kasvuvauhti YC:ssä on jonkin verran hitaampi kuin runsaissa väliaineissa, kuten YPD:ssä, mutta kannat ovat elinkelpoisia pitkiä aikoja. Seuraavan sivun taulukossa esitetään YC:n koostumus, joka sisältää runsaasti aminohappoja ja nukleotidien emäksiä. Täydellisen YC-alustan lisäksi käytämme myös selektiivisiä alustoja, joista on jätetty pois joitakin komponentteja. Esimerkiksi tässä laboratoriossa käytämme YC-Met ”drop-out” -mediaa, joka sisältää kaikki seuraavassa taulukossa esitetyt YC:n komponentit lukuun ottamatta metioniinia.

Jätä kommentti