Anubis kuului yli-ihmisten rotuun, joka tunnettiin nimellä Heliopoliksen egyptiläiset jumalat. Hänet tunnettiin nimellä ”Verhon vartija” ja hän oli hautajaisriittien ja sielujen siirtymisen suojelujumala. Hän toimi alamaailmaan siirtyvien sielujen oppaana ja oli kadonneiden sielujen suojelija ja puolestapuhuja, sillä hän oli alamaailman hallitsija. Egyptiläisten jumalien yhteentörmäyksen aikana Seth korvasi Osiriksen kuolleiden hallitsijana. Seet oli tullut tyytymättömäksi tähän rooliin ja syrjäytti Osiriksen, joka oli korvannut Ammon Ra:n taivaan hallitsijana. Sen jälkeen Seet vangitsi Osiriksen ja kaikki egyptiläiset jumalat ja piti mahdollisesti myös Anubiksen kuolevaisen muodon säilöttynä pyramidissa vuosituhannen ajan. Pyramidi ilmestyi myöhemmin kahdellakymmenennellä vuosisadalla. Tuolloin Asgårdin jumalat ottivat yhteen Sethin kanssa vapauttaakseen heidät. Egyptin muinaiset jumalat julistivat silloin Odinin yhteisen esi-isänsä Atum Ra:n reinkarnaatioksi.
Tuhansia vuosia sitten tuntemattoman miehen sielu oli annettu Anubiksen hoiviin. Sielua säilytettiin pronssijumalassa sisällä hänen kuoleman valtakunnassaan. Jossain vaiheessa sielu karkasi ja omaksui muiden miesten ja naisten ruumiit, jolloin se pääsi pakenemaan muinaista kuolemanjumalaa. Anubis, joka oli yhä aaveen kaltaisessa muodossaan, antoi kuolevaiselle Silas Wardenille suuren voiman, jotta hän voisi vangita vaeltavan sielun, ja Wardenista tuli Mindstar. Uskollinen Mindstar jäljitti sielun nuoreen kuolevaiseen mieheen nimeltä Michael Taine, joka opiskeli District Universityssä. Mindstarin hyökkäys Tainea vastaan oli niin julma, että se vei nuoren miehen hengen, jolloin sielu pääsi jälleen kerran pakenemaan. Epäonnistumisensa pelon vallassa Mindstar upotti Tainen ruumiin seinään egyptiläisen ankhin muodossa. Myöhemmin Mindstar valehteli Anubikselle vakuuttaen hänelle, että hänen etsimänsä sielu oli Saatanan Pojan, Daimon Hellstormin, sielu.
Viime aikoina elävä muumio käytti Ra:n kehää kutsuakseen Nephruksen tuonpuoleisesta toivoen, että Nephrus voisi muuttaa hänet takaisin ihmiseksi. Tämä ei jäänyt Anubikselta huomaamatta, sillä hän ja hänen tuttunsa Khet saapuivat paikalle vain hetki kutsun jälkeen. Nephrus kertoi N’Kantulle, ettei hän voinut palauttaa häntä takaisin elämään, mutta Anubis teki N’Kantulle uuden tarjouksen. Jos tämä toimittaisi hänelle sieluja, Anubis voisi antaa hänen lopulta kuolla palkkioksi. Koska N’Kantu oli elänyt niin kauan eikä halunnut elää epäkuolleena suostui sopimukseen.