Margil liittyi fransiskaanijärjestöön kotikaupungissaan Valenciassa Espanjassa 22. huhtikuuta 1673. Pappisvihkimyksensä jälkeen hän ilmoittautui vapaaehtoiseksi Amerikan alkuperäisasukkaiden lähetystyöhön ja saapui Vera Cruziin 6. kesäkuuta 1683. Hänet sijoitettiin Santa Cruzin lähetyskollegioon Querétarossa, mutta yleensä hän oli mukana tavoittamassa lähetyssaarnaajia Jukatanissa, Costa Ricassa, Nicaraguassa ja erityisesti Guatemalassa.
Hän käveli aina paljain jaloin, ilman sandaaleita, paastosi vuoden jokaisena päivänä, ei koskaan käyttänyt lihaa tai kalaa ja sovelsi kuria ja muita katumuksen välineitä itselleen säälimättömästi. Hän nukkui hyvin vähän, mutta vietti rukoillen suurimman osan yöstä sekä siestaan varatun ajan.
25. kesäkuuta 1706 Margil nimitettiin Zacatecasin Guadalupen vastaperustetun lähetyskollegion ensimmäiseksi huoltajaksi. Vuonna 1716 hän johti kolmen isän ja kahden maallikkoveljen joukkoa Teksasiin ja perusti Guadalupen lähetyssaarnaajat Nacogdoches-heimon, Doloresin lähetyssaarnaajat Ays-heimon ja San Miguelin lähetyssaarnaajat Adays-heimon keskuudessa. Nämä paikat sijaitsevat nykyisessä Itä-Teksasissa ja Pohjois-Louisianassa.
Kun ranskalaiset tuhosivat nämä lähetyssaarnaajat, isä Margil vetäytyi Rio San Antoniolle (San Antonio -joelle). Hän pysytteli nykyisen San Antonion kaupungin lähellä Texasissa yli vuoden ajan. Siellä hän perusti San Josén lähetysaseman (Texas) palvelemaan Coahuiltecan-intiaaneja.
Sitten hän palasi pappiensa kanssa entiselle toimintapaikalleen, kunnosti lähetysasemat ja kiinnitti huomionsa Louisianan ranskalaisiin uudisasukkaisiin. Vuonna 1722 hänet valittiin kollegionsa holhoojaksi; virkakautensa päätyttyä hän jatkoi lähetystyötä Meksikossa. Hän kuoli Mexico Cityssä Convento Grande de San Franciscossa.