Apolinario Mabini syntyi Talagassa, Tanauanissa, Batangasissa 22. heinäkuuta 1864. Hänen vanhempansa kuuluivat köyhtyneeseen talonpoikaisväestöön. Hän opiskeli Colegio de San Juan de Letranissa vuonna 1881 ja Santo Thomasin yliopistossa, jossa hän suoritti oikeustieteen tutkinnon vuonna 1894. Tänä aikana hän ansaitsi elantonsa opettamalla latinaa ja toimimalla sen jälkeen kopistona Manilan ensimmäisen oikeusasteen tuomioistuimessa.
Vuonna 1896 Mabini sai sairauden, luultavasti lapsen halvauksen, joka vei häneltä jalkojensa käytön. Kun Katipunan-kapina puhkesi saman vuoden lopulla, Espanjan viranomaiset pidättivät hänet. Monet eivät tienneet, että Mabini oli jo José Rizalin uudistusmielisen yhdistyksen, Liga Filipinan, jäsen. Ja vaikka hän suhtautui pasifistisena uudistusmielisenä aluksi epäilevästi Andres Bonifacion aseelliseen kansannousuun, Mabini vakuuttui myöhemmin kansan lähes fanaattisesta vapaudenhalusta. Sittemmin hän julkaisi kumouksellisia julistuksia, joissa hän vetosi kaikkiin filippiiniläisiin, jotta nämä yhdistyisivät Espanjaa vastaan.
Toukokuussa 1898 Emilio Aguinaldo kutsui Mabininin neuvonantajakseen. Mabini muotoili kuuluisan 18. kesäkuuta annetun asetuksen, jolla paikallishallinto järjestettiin uudelleen filippiiniläisten valvonnassa. Hänen politiikkansa koko taistelun ajan voidaan tiivistää kyseiseen asetukseen sisältyvään lausumaan: ”Hallituksen ensimmäinen velvollisuus on tulkita kansan tahtoa uskollisesti. ” Mabini oli myös mukana valvomassa asianmukaista oikeudenkäyttöä, vallankumouksellisen kongressin edustajien valintaa ja itse vallankumouksellisen hallituksen mekanismin luomista.
Kun vallankumouksellinen kongressi kutsuttiin koolle Barasoainiin, Malolosiin, Bulacaniin, 15. syyskuuta 1898, Mabini huomasi vastustavansa varakkaan porvariston suunnitelmia laatia perustuslaki. Hän katsoi, että sodan hätäolojen vuoksi kongressin tehtävänä oli vain neuvoa presidenttiä eikä laatia perustuslakia. Koska enemmistö hävisi, Mabini esitti sitten oman perustuslakisuunnitelmansa, joka perustui universaalin vapaamuurariuden sääntöihin. Se hylättiin Felipe G. Calderonin esittämän yhdistelmäluonnoksen hyväksi, josta tuli ensimmäisen Filippiinien tasavallan Malolosin perustuslain perusta.
Mabinin ristiriita kongressissa vallinneen kiinteistönomistajien ja maanomistajaluokan salaliiton kanssa johti siihen, että vuonna 1899 hänen asemansa Aguinaldon luotettuna neuvonantajana – ainoana pätevänä ajattelijana ja teoreettisena ajattelijana Aguinaldon kabinetissa – pimeni. Mabini onnistui paljastamaan Paterno-Buencamino-kliigan ilkeän opportunismin, sillä he yrittivät saada vallankumoushallituksen taloudelliset toimet hallintaansa ja hyötyä niistä. Kun Aguinaldon leiri pakeni eteneviä amerikkalaisia joukkoja, Mabini vangittiin 10. joulukuuta 1899. Hän kieltäytyi edelleen vannomasta uskollisuudenvalaa Yhdysvaltain hallitukselle ja jatkoi kapinallisten tukemista heidän ideologisessa taistelussaan, ja hänet karkotettiin Guamiin vuonna 1901. Hän kuoli 13. toukokuuta 1903.
Mabinin pääteos La Revolution Filipina, perusteltu analyysi ja vakuuttavat argumentit Espanjan vastaisen vallankumouksen ja amerikkalaisten valloittajien vastaisen vastarinnan ideologisista vaikutuksista, paljastaa hänen ajattelunsa taustalla olleen edistyksellisen ja demokraattisen impulssin. Hän yritti aina toimia välittäjänä kansan tahdon ja sen johtajien päätösten välillä. Hän oli epäitsekäs ja omistautunut patriootti.