Järjestelmän perustaminen
Edon bakufun perustajan Tokugawa Ieyasun esivanhemmat olivat Matsudairaita, Mikawan maakunnan vuoristoiselta alueelta (nykyisestä Aichin prefektuurista) kotoisin oleva Sengoku-daimyo-perhe, joka oli luonut pohjan daimyo-asemalleen tunkeutumalla Mikawan tasangoille. Mutta kun lännen voimakas Oda-suku hyökkäsi heidän kimppuunsa ja kukisti heidät, Ieyasun isä Hirotada sai surmansa. Ieyasu oli aiemmin lähetetty Imagawan suvulle panttivangiksi liiton solmimiseksi, mutta Oda-suku oli ottanut hänet matkalla vangiksi. Isänsä kuoleman jälkeen Ieyasu lähetettiin Imagawan perheeseen, jossa hän vietti 12 vuotta vankeudessa. Kun Oda Nobunaga tuhosi Imagawa-suvun Okehazaman taistelussa vuonna 1560 ja aloitti yhdentymiskurssinsa, Ieyasu vapautettiin lopulta. Ieyasu palasi Mikawan Okazakiin ja otti tämän maakunnan hallintaansa. Odan liittolaisena hän vartioi selustaa Kyōtoon etenemistä varten, ja sen jälkeen hän kävi omia sotaretkiään etenemällä tasaisesti itään. Vuoteen 1582 mennessä hän oli voimakas daimyo, jolla oli hallussaan kotiprovinssinsa Mikawan lisäksi neljä provinssia: Suruga ja Tōtōmi (nykyinen Shizuokan prefektuuri), Kai (Yamanashin prefektuuri) ja eteläinen Shinano (Naganon prefektuuri).
Kun Hideyoshi kaappasi vallan, Ieyasu vastusti häntä aluksi. Sitten hän kuitenkin alistui, ja noustuaan Hideyoshin vasallien vaikutusvaltaisimmaksi daimjoksi hänestä tuli Hideyoshin hallinnon korkeimpien virkamiesten, viiden tairōn (korkeimpien ministerien), päällikkö. Hideyoshin kuoleman jälkeen daimyot jakautuivat Hideyoria tukeviin ja Ieyasun puolella oleviin daimyoihin. Asiat kärjistyivät Sekigaharan taistelussa vuonna 1600, jossa Ieyasu saavutti ratkaisevan voiton ja vakiinnutti kansallisen ylivaltansa. Ieyasu oli nähnyt sekä Nobunagan että Hideyoshin epäonnistuneen pysyvän hallinnon vakiinnuttamisessa, ja vuonna 1603 hän perusti Edon bakufun (joka tunnetaan yleisemmin nimellä Tokugawa-sogunaatti ) laillistamaan tämän aseman. Ottaen käyttöön shogunin arvonimen hän käytti tiukkaa määräysvaltaa jäljellä oleviin daimyoihin tuolloin. Sekigaharan jälkeisten palkkioiden jakamisen varjolla hän pakkolunasti, pienensi tai siirsi suuren määrän daimyoja, jotka vastustivat häntä. Heidän takavarikoidut maansa hän joko antoi sukulaisilleen ja Tokugawa-suvun palveluksessa oleville henkilöille vakiinnuttaakseen heidän asemansa daimyoina ja lisätäkseen heidän omaisuuttaan tai hän varasi ne Tokugawa-talon alueiksi. Lisäksi Hideyoshin poika ja perillinen Hideyori alennettiin Kinki-alueen (Ōsakan alue) daimyoksi. Kaksi vuotta bakufun perustamisen jälkeen Ieyasu luopui shogunin virasta pojalleen Hidetadalle ja vetäytyi Sumpuun (nykyiseen Shizuokan kaupunkiin) omistautuakseen bakufun perustusten vahvistamiselle. Vuonna 1615 Ieyasu ryntäsi Ōsakan linnaan ja valtasi sen, tuhoten Hideyorin ja Toyotomin perheen. Heti sen jälkeen julistettiin sotilashuoneiden lait (Buke Shohatto) ja keisarillisten ja hovin virkamiesten lait (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto), jotka muodostivat oikeusperustan daimyojen ja keisarillisen hovin bakufu-valvonnalle. Vuonna 1616 Ieyasu kuoli, kun perimys oli jo vahvistettu.
Orion Press, Tokio
Toisen ja kolmannen shogunin, Hidetadan ja hänen seuraajansa Iemitsun, aikana bakufu-valvontapolitiikka eteni entisestään, kunnes bakuhan-järjestelmä – Tokugawa-sogunaatin hallintojärjestelmä; kirjaimellisesti yhdistelmä bakufusta ja hanista (daimyon hallintoalue) – saavutti loppuunsa. Vuosina 1633-42 tehtyjen uudelleenjärjestelyjen myötä bakufu-hallituksen toimeenpanovalta oli lähes valmis, ja sitä edustivat ylempien neuvonantajien (rōjū), alempien neuvonantajien (wakadoshiyori) ja kolmen komissaarin (bugyō) virat, jotka vastasivat maan temppeleistä ja pyhäköistä, shogunin pääkaupungista ja bakufun valtionkassasta. Alueiden takavarikointia ja pienentämistä jatkettiin, ja lisäksi tehtiin laajamittaisia daimyo-siirtoja, joilla jaettiin Kantōn, Kingin ja Tōkaidōn strategisesti tärkeät alueet niiden daimyojen kesken, jotka olivat bakufun sukulaisia ja tukijoita, ja pidettiin näin ”ulkopuoliset” (tozama) herrat kurissa. Daimyojen uudelleenjärjestelyn ohella bakufun suorassa valvonnassa olevia maita lisättiin myös keskeisissä paikoissa eri puolilla maata. Tärkeimmät kaupungit – Kyōto, Ōsaka ja Nagasaki – ja kaivokset (erityisesti Sadon saari) asetettiin myös bakufun suoran hallinnon alaisuuteen, ja niitä käytettiin kaupan, teollisuuden ja kaupankäynnin valvontaan.
Bakufu tarkisti myös sotilashuoneiden lakeja ja otti käyttöön sankin kōtai -nimisen järjestelmän (vaihtoehtoinen läsnäolo), jonka mukaan daimyojen tuli käydä juhlallisilla vierailuilla Edossa joka toinen vuosi, kun taas heidän vaimonsa ja lapsensa asuivat pysyvästi Edossa panttivangeina. Järjestelmä myös pakotti daimyot – erityisesti kauimpana asuvat, mahdollisesti vaaralliset tozamat – käyttämään suuria rahasummia kahden erillisen hallintorakenteen ylläpitämiseen ja matkoihin Edoon ja Edosta. Lisäksi daimyojen oli pakko avustaa julkisissa töissä, kuten linnojen rakentamisessa bakufun hallintoalueilla, mikä piti heidät taloudellisissa vaikeuksissa. Tokugawan bakufu-alueiden koko oli nyt yli seitsemän miljoonaa kokua – noin neljäsosa koko maasta. Näistä maa-alueista yli neljä miljoonaa kokua oli sen suorassa hallinnassa, ja kolme miljoonaa kokua oli jaettu hatamotojen ja gokeninien, bakufun vasallien, kesken. Koska bakufulla oli monopoli ulkomaankauppaan ja oikeus rahan liikkeeseenlaskuun, sillä oli huomattavasti suuremmat taloudelliset resurssit kuin daimyoilla. Myös sotilaalliselta vahvuudeltaan se oli paljon voimakkaampi kuin yksikään yksittäinen daimyo.
Samassa tahdissa bakufun rakenteellisen organisoitumisen kanssa ylimpänä vallanpitäjänä myös daimyojen hallinto (hansei) muotoutui asteittain. Shogunin ja daimyon välinen suhde oli herran ja vasallin suhde, joka perustui feodaaliseen chigyō-järjestelmään. Teoriassa maa kuului shogunille, joka jakoi sen herrojen kesken erityisenä palveluksena eli go-onina. Ollakseen daimyo, soturin oli hallittava maita, jotka tuottivat vähintään 10 000 kokua. Vastineeksi daimyo velvoitettiin tarjoamaan sotilaallisia ja muita palveluja shogunille. Aivan samanlainen yhteys vallitsi alueen herrojen ja heidän palvelijoidensa välillä, ja jotta daimyo voisi keskittää ja vahvistaa valtaansa, heidän oli välttämätöntä tiivistää tätä yhteyttä. Rajoittaakseen vasalliensa perinteistä oikeutta chigyōhin eli alamaaherroihin daimyot palkitsivat heidät sen sijaan riisipalkkioilla (kuramai), mikä lisäsi heidän riippuvuuttaan daimyosta. Samalla tämä politiikka lisäsi daimyon suorassa hallinnassa olevien maiden määrää, mikä vahvisti valtakunnan taloudellista perustaa. Daimyo käytti siis omiin vasalleihinsa samoja menetelmiä kuin bakufu käytti näiden valvomiseksi. Näin luotiin hierarkkinen, ”feodaalinen” hallinto kokudaka-järjestelmän avulla, joka ulottui shogunista daimyojen kautta heidän palvelijoihinsa.
Maatalousväestön valvonta vahvistui nyt entisestään. Taikōn maanmittauksessa oli tunnustettu talonpoikien oikeudet maan varsinaisina viljelijöinä ja asetettu heidät vastuuseen veroista. Bakufun ja daimyojen maanmittaukset, jotka olivat samankaltaisia, olivat paljon yksityiskohtaisempia ja tarkempia, koska niissä pyrittiin saamaan mahdollisimman suuri verotuotto. Tokugawan kylät poikkesivat siten aiempien aikakausien kylistä, joita olivat hallinneet paikalliset maanomistajat eli myōshut. Tokugawa-kylät koostuivat pienviljelijöiden, joita yleensä kutsuttiin hyakushōiksi, ydinjoukosta. Koska kylät olivat nyt uuden hallinnon hallinnollisia yksiköitä, perustettiin kolmiportainen kylien virkamiesten järjestelmä – nanushi (tai shōya), kumigashira ja hyakushōdai – hoitamaan sen tehtäviä. Kaupunkien ja kylien asukkaat koko maassa velvoitettiin muodostamaan gonin-gumeja (”viiden kotitalouden ryhmiä”) eli naapurustoyhdistyksiä, joiden tehtävänä oli edistää yhteistä vastuuta veronmaksusta, ehkäistä herrojensa lakien vastaisia rikkomuksia, antaa toisilleen keskinäistä apua ja pitää toisiaan silmällä. Talonpoikien taloudellista valvontaa vahvistettiin entisestään. Talonpoikia kiellettiin tiukasti ostamasta, myymästä tai hylkäämästä maataan tai vaihtamasta ammattiaan; myös heidän pukeutumistaan, ruokailuaan ja asumistaan rajoitettiin tarkasti. Keian no Ofuregaki (”Keian-ajan julistukset”), jonka bakufu julkaisi vuonna 1649, oli kokoelma bakufun politiikkoja, joiden tarkoituksena oli valvoa maaseudun hallintoa.