Jäätyään 25-vuotiaana eläkkeelle kilpa-autoilusta Horner kiinnitti Viktor Maslovin ja Marc Goossensin FIA F3000 -kaudelle 1999. Ennen saman vuoden alkua Dave Richardsin Prodrive-organisaatio osti 50 prosentin osuuden Ardenista venäläisen öljy-yhtiön Lukoilin puolesta, jonka pomo oli Maslovin isä. Horner osti Prodriven osuuden Ardenista takaisin yhden kauden jälkeen. Darren Manning kiinnitettiin Goossensin tilalle kaudeksi 2000-2001, ja hän saavutti yhden paalupaikan ja kaksi palkintokorokesijoitusta.
Arden kilpaili myös Italian F3000-luokassa vuonna 2000 voittaen kolme osakilpailua ja sijoittuen toiseksi mestaruussarjassa yhdessä Warren Hughesin kanssa.
Lukoilin kanssa tapahtuneen eron jälkeen vuodeksi 2002 rekrytoitiin uusi kuljettajajoukko, ja Manningin ja Maslovin tilalle saatiin uudet kuljettajat, Tomáš Enge ja Björn Wirdheim. Tiimi otti viisi voittoa (neljä Enge, yksi Wirdheim), ja Enge voitti mestaruuden samana vuonna, mutta putosi kolmanneksi epäonnistuneen huumetestin jälkeen, jolloin mestaruus siirtyi Sébastien Bourdais’lle. Arden voitti tiimimestaruuden.
Wirdheim jäi vuonna 2003, ja Engen tilalle tuli Townsend Bell. Björn Wirdheim voitti mestaruuden 35 pisteen erolla toiseksi sijoittuneeseen Ricardo Speraficoon. Arden säilytti tiimimestaruuden.
F3000:n viimeistä kautta 2004 hallitsi Ardenin ykköskuljettaja Vitantonio Liuzzi; Robert Doornbosin tuki auttoi varmistamaan sekä kuljettajien että konstruktoreiden mestaruuden suurella erolla. Tiimi voitti tuona vuonna kahdeksan kymmenestä osakilpailusta, joista Liuzzi voitti seitsemän ja Doornbos yhden. Manageri Helmut Marko toi Liuzzin tiimiin Red Bullin sponsoroimana. Tähän aikaan Horner perusti Arden International -tiiminsä Prodriven tiloihin Banburyyn, ennen kuin hän siirsi sen entiseen 22 Motorsportin tilaan lähelle.
Tässä vaiheessa Horner etsi mahdollisuutta siirtyä Formula 1:een. Eddie Jordanin kanssa käytyjen keskustelujen Jordan Grand Prix’n ostamisesta ei johtanut mihinkään erimielisyyksien vuoksi kustannuksista, joten marraskuussa 2004 itävaltalainen energiajuomayhtiö Red Bull osti Jaguar F1 Teamin, josta tuli Red Bull Racing. Tammikuussa 2005 Horner nimitettiin tiimin johtajaksi, ja hänestä tuli tuolloin nuorin tiimipäällikkö. Vaikka hänet nimitettiin vain kahdeksan viikkoa ennen kauden avausosakilpailua Australian Grand Prix’ta, tiimi sai hänen johdollaan hyvän alun: kuljettajat David Coulthard ja Christian Klien sijoittuivat Australiassa neljänneksi ja seitsemänneksi, ja he keräsivät tiimille yhteensä 34 pistettä verrattuna yhdeksään pisteeseen, jotka Jaguar oli saanut edellisenä vuonna. Hänellä oli myös keskeinen rooli Adrian Neweyn palkkaamisessa, joka ilmoitettiin tiimin tekniseksi johtajaksi marraskuussa 2005.
Vuosi 2006 oli siirtymävuosi: kun Newey aloitti työnsä Red Bullilla helmikuussa 2006, kyseisen vuoden auto (RB2) oli jo suunniteltu, ja tiimi siirtyi Cosworthin moottoreista Ferrarin asiakasmoottoreihin, jotka ylikuumenivat ja olivat epäluotettavia. Tiimi saavutti kuitenkin ensimmäisen palkintokorokesijoituksensa Monacon Grand Prix’ssä, jonka kunniaksi Horner hyppäsi uima-altaaseen pelkkä Teräsmiehen viitta yllään.
2007 toi RB3:n, tiimin ensimmäisen Neweyn suunnitteleman auton, sekä Mark Webberin ja Renaultin moottorien saapumisen, mutta tiimi kärsi edelleen luotettavuusongelmista, ja auto joutui 14 kertaa keskeyttämään, ja se saavutti yhden ainoan palkintokorokesijoituksen, kun taas seuraavana vuonna tiimi putosi seitsemännelle sijalle konepäälliköiden mestaruustaistossa.
Talli sijoittui vahvasti toiseksi konepäälliköiden mestaruuskilpailussa vuonna 2009, ja kuljettajat Sebastian Vettel ja Mark Webber sijoittuivat kuljettajien mestaruuskisassa toiseksi ja Mark Webber neljänneksi ja ottivat yhteensä kuusi voittoa. Vuonna 2010 tiimi voitti ensimmäisen konepajamestaruutensa yhden kisan turvin, ja Sebastian Vettel voitti kuljettajien mestaruuden kauden viimeisessä kisassa, jolloin hänestä tuli nuorin maailmanmestari. Horner oli 36-vuotiaana nuorin tallipäällikkö, joka on voittanut Formula 1:n konepajamestaruuden. Vuonna 2011 talli voitti toisen konepajamestaruutensa kolme kilpailua ennen loppua, ja Sebastian Vettelistä tuli maailman nuorin tuplamestari. Vuonna 2012 tiimi voitti kolmannen konepajamestaruutensa yhtä kilpailua ennen loppua. Sebastian Vettelistä tuli maailman nuorin kolminkertainen maailmanmestari. Vuonna 2013 Red Bull Racing voitti neljännen peräkkäisen F1-konstruktiomestaruutensa, kun Sebastian Vettel voitti neljännen kuljettajien mestaruutensa.