Blakeman opiskeli Nebraskan yliopistossa vuosina 1984-1987 ja toimi pääasiassa Nebraska Cornhuskersin varapelinrakentajana, muun muassa kaudet 1986 ja 1987 pelinrakentaja Steve Taylorin takana.
Nebraskan pelatessa 25. lokakuuta 1986 rankingissa sijoittamatonta Colorado-joukkuetta vastaan päävalmentaja Tom Osborne korvasi Taylorin Blakemanilla neljännellä neljänneksellä. Colorado rajoitti silti Blakemanin neljään kuudesta suorituksesta 37 jaardia, ja piti kiinni Huskersin kukistamisesta 20-10. Tämä oli ensimmäinen voitto Nebraskasta sitten vuoden 1967 ja Buffaloesin ensimmäinen voitto Nebraskasta kotonaan sitten vuoden 1960.
Blakeman pelasi vuoden 1987 Sugar Bowlissa, joka voitti Southeastern Conference -konferenssin mestarin LSU:n 30-15.
3. lokakuuta 1987 South Carolina johti Nebraskaa 21-13, kun Taylor jätti pelin loukkaannuttuaan olkapäänsä kolmannen neljänneksen viimeisessä pelissä. Blakeman viimeisteli tuuraajana ainoan syöttönsä 8 jaardia. Mutta vahvan juoksupelin ja Nebraskan Blackshirts-puolustuksen avulla, joka pakotti kaksi liikevaihtoa ja päästi vain 9 jaardia neljännellä neljänneksellä, Huskers kokoontui Blakemanin ympärille ja teki 17 vastaamatonta pistettä voittaakseen 30-21.
Blakeman aloitti myös kaksi peliä loukkaantuneen Taylorin tilalla, jotka molemmat olivat voittoja Kansas Jayhawksista. Marraskuun 15. päivänä 1986 hän heitti kolme touchdown-syöttöä ja juoksi toisen, kun hän johti Nebraskan 70-0-voittoon, joka oli Jayhawkin historian pahin tappio ja Nebraskan suurin shutout siihen asti. Ja 10. lokakuuta 1987 Blakeman sai 10 syötöstä 12:sta 100 jaardia ja yhden touchdownin Nebraskan voittaessa Kansas 54-2.