Johnson asui Montserratissa 10 vuotta. Johnson keskittyy tutkimuksessaan supersäieteoriaan ja hiukkasfysiikkaan, erityisesti vahvasti kytkeytyneisiin ilmiöihin liittyen. Hän on aiemmin työskennellyt Kalifornian yliopiston Santa Barbaran Kavli Institute for Theoretical Physics -instituutissa, Institute for Advanced Study -instituutissa ja Princetonin yliopistossa. Hän sai vuonna 2005 fysiikan instituutin Maxwell-mitalin ja -palkinnon ”erinomaisesta panoksestaan säieteoriaan, kvanttigravitaatioon ja sen rajapintaan vahvasti kytkeytyneen kenttäteorian kanssa, erityisesti työstään singulariteettien sensuurin ja kvanttiavaruusajan termodynaamisten ominaisuuksien ymmärtämiseksi”. Hän sai National Science Foundation CAREER-palkinnon vuonna 1997. Vuonna 2005 Journal of Blacks in Higher Education -lehti listasi Clifford Johnsonin eniten siteeratuksi mustaksi matematiikan tai siihen liittyvän alan professoriksi yhdysvaltalaisessa yliopistossa tai korkeakoulussa.
Hän valmistui fysiikan kandidaatiksi Lontoon Imperial Collegesta vuonna 1989 ja filosofian tohtoriksi matematiikan ja fysiikan alalta Southamptonin yliopistosta vuonna 1992.
Hän työskentelee myös aktiivisesti luonnontieteiden edistämiseksi suurelle yleisölle suunnatussa ja fysiikkaa koskevassa tiedotustyössä. Osana tätä työtä hän esiintyy säännöllisesti History Channelin The Universe -sarjassa ja toimii Discovery Channelin tiedekonsulttina. Johnson perusti afrikkalaisen Summer Theory Instituten, ”joka kokoaa opettajat, tutkijat ja kaiken tasoiset opiskelijat yhteen kuukauden mittaiseen konferenssiin tieteellisestä aiheesta – joka vuosi eri aiheesta – keskustelemaan, verkostoitumaan ja tietenkin oppimaan.”
Hän on toiminut myös tieteellisenä konsulttina tieteiselokuvissa ja televisio-ohjelmissa, joihin kuuluu muun muassa Avengers: Endgame ja Star Trek: Discovery. Hän teki lyhyen cameo-esiintymisen vuonna 2020 ilmestyvässä Palm Springs -elokuvassa.