Tämän voiton seurauksena Sparta kukisti ateenalaiset ja pyrki näin luomaan oman valtakuntansa Egeanmerellä. Sen suhteet Persiaan heikkenivät, ja se alkoi tehdä ryöstöretkiä Anatoliassa sijaitseviin Pharnabazoksen ja Tissapherneksen satraappeihin. Vuoteen 397 eaa. mennessä Pharnabazus oli saanut Persian kuninkaan Artaxerxesin suostuteltua jatkamaan sotaa meritse ja hankki 300 foinikialaisesta ja kyproslaisesta aluksesta koostuvan laivaston. Pelkästään lukumäärältään ne olisivat ylivoimaisia, mutta ne tarvitsivat kokeneen komentajan, ja niinpä he löysivät Kyprokselta Kononin, joka oli vain liian iloinen tilaisuudesta kostaa peloponnesialaisille.
Ensin Konon siirtyi pienen laivastonosan kanssa Kariaan, jossa hän joutui jonkin aikaa saartoon, mutta sitten Pharnabazos ja Tissaphernes pelastivat hänet. Sen jälkeen hän eteni Rodokselle, jossa partilaismielinen oligarkia oli korvattu demokratialla, ja onnistui kaappaamaan Egyptistä lähetettyjä elintarviketarvikkeita. Vastauksena tähän spartalaiset päättivät lähettää laivastonsa, mutta erehtyivät uskomaan sen Peisanderille, jolla ei ollut kokemusta. Taistelu käytiin Cniduksessa vuonna 394 eaa., ja se oli helppo ja ylivoimainen persialaisten menestys. Egeanmeren kaupungit karkottivat spartalaisten varuskunnat ja hyväksyivät persialaisten vallan.
Tämän menestyksen jälkeen Konon katsoi, että hänen oli turvallista palata Ateenaan. Pharnabazos antoi hänen pitää osan laivastostaan ja toimitti rahaa Pireuksen linnoittamiseen ja sen Ateenaan yhdistävien pitkien muurien jälleenrakentamiseen. Nämä toimet merkitsivät sitä, että osa Peloponnesoksen sodan tärkeimmistä tuloksista peruuntui – Ateena sai takaisin asemansa Kreikan suurvaltana, ja vaikka se oli edelleen menettänyt valtakuntansa, Sparta oli estetty ottamasta sitä haltuunsa.
Seuraavana vuonna spartalaiset olivat aloittaneet neuvottelut persialaisten kanssa, ja varmistaakseen asemansa Kreikassa he tarjoutuivat luovuttamaan heille kaikki Anatolian kaupungit. Ateenalaiset lähettivät delegaatteja (joiden joukossa oli myös Konon) ilmoittamaan, etteivät he hyväksy tätä, minkä Tiribazus ymmärsi tarkoittavan, että he yhä toivoivat saavansa valtakuntansa takaisin, ja tästä käänteestä suuttuneena heitti heidät vankilaan, Konon heidän joukossaan. Antiikin kirjoittajat kertovat ristiriitaisia tarinoita Cononin lopusta: jotkut väittävät, että hänet lähetettiin Aasian sisäosiin ja teloitettiin; toiset, luultavasti todennäköisemmät kertomukset kertovat, että hän vetäytyi Kyprokselle ja kuoli siellä. Hänen pojastaan Timoteuksesta tuli myöhemmin toinen merkittävä kenraali.