Cooperative Baptist Fellowshipin ylläpitämät perusarvot alkavat neljästä asiasta, joita CBF pitää baptistisina uskon ja käytännön periaatteina.
- Sielunvapaus on kaikkien ihmisten kyky olla suoraan yhteydessä Jumalaan. Usko kaikkien uskovien pappeuteen on tärkeä perusta tälle periaatteelle.
- Raamatun vapaus on periaate, jonka mukaan tunnustetaan Raamatun auktoriteetti ja jokaisen kristityn oikeus tulkita Raamattua niin kuin Pyhä Henki ohjaa.
- Kirkon vapaus on ajatus siitä, että jokainen paikalliskirkko on itsenäinen ja valtuutettu valitsemaan omat johtohenkilönsä ja johtamaan omia asioitaan.
- Uskonnonvapaus on periaate kirkon ja valtion erottamisesta. CBF tukee tätä periaatetta liittymällä Baptist Joint Committee for Religious Liberty -järjestöön.
CBF vahvistaa, että Raamattu opettaa, että on olemassa yksi tosi Jumala, joka on luonut kaikki ihmiset. Synnin vuoksi ihmiskunta on erotettu Jumalasta, mutta se voidaan pelastaa ja lunastaa Jeesuksen Kristuksen kautta. Pyhä Henki tuomitsee ja käännyttää ne, jotka uskovat Kristukseen, ja valtuuttaa kirkon täyttämään tehtävänsä. CBF:n jäsenet ovat yhtä mieltä siitä, että jokainen kristitty ja jokainen seurakunta on kutsuttu täyttämään lähetyskäsky, jakamaan evankeliumia Jeesuksesta Kristuksesta ja palvelemaan ihmisten ja yhteisöjen hengellisiä, fyysisiä ja sosiaalisia tarpeita.
Naisten aseman vahvistaminen palvelutyössä oli yksi Fellowshipin perustamisperiaatteista. Useimmat CBF:n jäsenet ovat yhtä mieltä siitä, että sekä miehet että naiset voidaan vihkiä papiksi tai diakoniksi ja palvella seurakuntien pastoreina. Yhteiskunnallisista kysymyksistä CBF ei anna kannanottoja. CBF:n jäsenet ovat yhtä mieltä siitä, että koska CBF on autonomisten kirkkojen yhteisö, lausuntojen antaminen olisi sen tarkoituksen ulkopuolella. Sillä on kuitenkin homoseksuaalista käyttäytymistä koskeva järjestöpolitiikka. CBF:n toimintaperiaatteet eivät kuitenkaan sido yksittäisiä seurakuntia, jotka tekevät omat päätöksensä missä tahansa asiassa; seurakuntaa ei myöskään voida erottaa CBF:stä sen vuoksi, että se on eri mieltä keskeisistä arvoista tai toimintaperiaatteista. Esimerkiksi Calvary Baptist Church Lexingtonissa, KY:ssä, joka on CBF:n johtava jäsenseurakunta, sallii homoseksuaalien toimia johtotehtävissä, mukaan lukien kirkon diakoniatehtävissä, ja Calvary Baptist Church DC:ssä, joka on toinen CBF:n jäsenseurakunta, solmii samaa sukupuolta olevien avioliittoja. Lisäksi CBF oli mukana sponsoroimassa seksuaalisuutta käsittelevää konferenssia ja käynnisti ”’Illumination Project’ -hankkeen, jonka johtokunta (entinen koordinointineuvosto) on hyväksynyt ja jonka tarkoituksena on kehittää malleja, joiden avulla yhteisön yhteisö voi tuoda julki erimielisyyksiä, ei ainoastaan palkkaamiskiellosta, vaan myös muista kirkkoja, uskontokuntia ja yhteiskuntaa jakavista polttavista kysymyksistä”.