Poliittinen rakenneuudistus
Gorbatshovin suurena ongelmana oli se, että huipulla ei ollut yhteisymmärrystä siitä, mitä perestroikalla, glasnostilla ja demokratisoinnilla pitäisi saavuttaa. Radikaalit uudistajat, Gorbatshov, Jakovlev ja Shevardnadze, jäivät maltillisten uudistajien, Ligatšovin, Ryžkovin ja muiden jalkoihin. Ongelmaa pahensi Gorbatshovin oman ajattelun ilmeinen epäselvyys. Hän ei koskaan kyennyt rakentamaan johdonmukaista tavoitetta ja keinoja sen saavuttamiseksi. Hänen turhautumisensa puoluekoneistoon sai hänet muotoilemaan hyvin radikaalin ratkaisun – sen nujertamisen. Hän halusi sulkea sen pois päivittäisestä osallistumisesta talouden johtamiseen ja lopettaa sen ylivallan valtion lainsäädäntöelimissä ja puolueasioissa. Sihteeristö oli ollut puolueen aivot, ja kaikki keskeiset päätökset oli tehty siellä. Gorbatshov halusi lopettaa puolueen virkamiesten ylivallan neuvostoissa. Hän onnistui tässä merkittävässä saavutuksessa 19. puoluekokouksessa kesäkuussa 1988. Puolue menetti näin hallitsevan asemansa poliittisen prosessin keskipisteessä, mutta kosti Gorbatshoville lujittamalla valtaansa periferiassa, jossa heikot neuvostot eivät pärjänneet sille. Näin syntyi keskipakoisvoima keskuksesta periferiaan. Tämä prosessi oli ollut käynnissä Stalinin kuolemasta lähtien, ja Hruštšovin syrjäyttäminen oli korostanut paikallisten puoluevirkailijoiden vaikutusvaltaa. Brežnevin kausi lisäsi entisestään vallan virtausta periferiaan.
Valinnat Neuvostoliiton kansanedustajien kongressiin, joka korvasi Neuvostoliiton korkeimman neuvoston korkeimpana valtiovallan elimenä, pidettiin maaliskuussa 1989. Noin 88 prosenttia kansanedustajista oli kommunisteja, mutta tuolloin kommunistinen puolue ei enää ollut yhtenäinen puolue. Kongressi valitsi keskuudestaan kaksikamarisen lainsäädäntöelimen (nimeltään Korkein neuvosto), jossa kummassakin huoneessa oli 271 jäsentä. Gorbatshov toimi kokouksen puheenjohtajana. Boris Jeltsinistä tuli korkeimman neuvoston jäsen sen jälkeen, kun toinen kansanedustaja luopui hänen puolestaan. Jeltsin oli erotettu Moskovan puoluejohtajan paikalta ja politbyroon jäsenyydestä marraskuussa 1987 kiivaan riidan jälkeen Ligatšovin kanssa. Gorbatshov päätti olla tukematta häntä. Näin alkoi Gorbatshovin ja Jeltsinin välinen titaaninen kamppailu, joka johti Gorbatshovin poliittiseen tuhoon. Jeltsinillä oli kansanedustajana ensimmäistä kertaa kansallinen puheenvuoro, ja hän käytti sitä erittäin taitavasti. Hänen hyökkäystensä pääpaino oli puolueen etuoikeuksissa, perestroikan menestymättömyydessä, markkinareformien tarpeessa ja henkilökohtaisessa kritiikissä Gorbatshovin johtajuutta kohtaan.
Uusi kuvio huipulla toistui jokaisessa tasavallassa. Kongressit valittiin ja niistä nousi korkeimmat neuvostot. Vuoden 1990 alussa pidettiin myös paikalliset neuvostovaalit, jotka johtivat moniin järkytyksiin. Gorbatshovin kannustamat kommunistivirkamiehet, jotka olivat asettuneet ehdolle, hävisivät usein jopa ainoana ehdokkaana. Valituksi tullakseen kansanedustaja tarvitsi yli 50 prosenttia annetuista äänistä. Glasnost antoi muille kuin venäläisille kansallisuuksille mahdollisuuden ilmaista vastustavansa Venäjän ja kommunistien ylivaltaa ja johti nationalismin ja regionalismin kasvuun. Tätä pahensi taloudellinen taantuma. Erityisesti Baltian tasavalloissa monet väittivät, että ne pystyivät hoitamaan talousasioitaan paremmin kuin Moskova. Etnisten ryhmien väliset kiistat ja konfliktit lisääntyivät ja johtivat toisinaan verenvuodatukseen. Väkivaltaisin ja katkerin konflikti oli Vuoristo-Karabahissa, Armenian hallitsemassa erillisalueella Azerbaidžanissa. Vastavalitut korkeimmat neuvostoviranomaiset saattoivat väittää puhuvansa väestön puolesta. Tämä päti erityisesti Baltiassa. Monipuoluepolitiikasta tuli laillista vuonna 1990, kun perustuslain 6 artikla, joka oli taannut kommunistien monopolin, poistettiin. Satoja, jopa tuhansia epävirallisia yhdistyksiä ja sitten puolueita syntyi glasnostin ja demokratisoitumisen suosimassa ilmapiirissä. Kansanrintamat, erityisesti Baltiassa, yhdistivät kaikki ne, jotka vastustivat Moskovan hallintoa ja tavoittelivat itsenäisyyttä. Kun nämä rintamat hallitsivat ylimpiä neuvostoja, ne saattoivat antaa suvereeniusjulistuksia. Maaliskuussa 1990 Liettua meni pidemmälle ja julistautui itsenäiseksi. Toukokuussa 1990 Jeltsinistä tuli Gorbatshovin katkerasta vastustuksesta huolimatta Venäjän korkeimman neuvoston puheenjohtaja. Seuraavassa kuussa Venäjän SFSSR julisti itsensä itsenäiseksi valtioksi. Se väitti, että sen lait olivat etusijalla Neuvostoliiton lakeihin nähden. Gorbatshov totesi tämän pätemättömäksi. Näin kävi jokaisessa tasavallassa, joka oli julistautunut suvereeniksi. Se tunnettiin nimellä ”lakien sota”. Tämän seurauksena Neuvostoliiton selviytymisestä tuli kysymys.
Gorbatshov kyllästyi pian ”uuden näköiseen” Neuvostoliiton korkeimpaan neuvostoon ja heitti verkkonsa entistä laajemmalle etsiessään mallia. Hän valitsi lopulta toimeenpanevan presidenttikunnan, joka perustui Yhdysvaltain ja Ranskan presidenttikuntien sekoitukseen. Yhdysvaltain tavan mukaisesti hän tarvitsi varapresidentin. Valitettavasti hän valitsi Gennadi Janajevin – Kazakstanin johtaja Nursultan Nazarbajev ja Shevardnadze olivat kieltäytyneet tehtävästä. Neuvostoliiton ministerineuvosto lakkautettiin ja korvattiin presidentin alaisuudessa toimivalla ministerikabinetilla. Paperilla Gorbatshov oli saavuttanut tavoitteensa: hän oli tärkein päätöksentekijä ja todellakin perustuslaillinen diktaattori. Hänen auktoriteettinsa tai kykynsä tehdä päätöksiä ei ollut koskaan ollut suurempi. Presidentin virkaan Yhdysvalloissa ja Ranskassa liittyvää valtaa ei kuitenkaan siirretty hänelle. Hänen valtansa tai kykynsä saada päätöksensä pantua täytäntöön väheni päivittäin.
Uudistuksen sysäys tuli kommunistisen puolueen ja yhteiskunnan poliittisesti aktiiviselta osalta. Perestroikan vastustus oli kuitenkin kiivaimmillaan saman ryhmän keskuudessa. Uudistajat tiesivät, että puolue ja valtiokoneisto olivat entisiä mestareita estämään uudistuksia, jotka ne kokivat omien etujensa vastaisiksi. Ainoa tapa ajaa uudistus läpi oli käyttää moukareita. Kolmen ensimmäisen vuoden aikana Gorbatshov käynnisti useita uudistuksia. Aina kun hän kohtasi puoluekonservatiivien vastustusta, hän perääntyi ja etsi uuden reitin etenemiselle. Jakovlevin mukaan, joka on yksi perestroikan arkkitehdeistä ja sen pääteoreetikko, ylhäältä käsin tehty vallankumous saavutti kriittisen pisteen 19. puoluekokouksessa kesäkuussa 1988. Siellä Gorbatshov joutui jyrkän valinnan eteen: edetä ja muuttaa perestroika ”aidosti kansandemokraattiseksi vallankumoukseksi, mennä loppuun asti ja antaa yhteiskunnalle täydellisen vapauden” tai vetäytyä takaisin, pysyä kommunistisena uudistajana ja pysyä byrokratian tunnetussa miljöössä. Jakovlev näki perestroikaa uhkaavan monenlaisia vaaroja: stalinistinen taantumus tai brežneviläinen konservatismi saattoi tukahduttaa sen tai sitä saattoivat kaapata virkamiehet, jotka puhuivat perestroikan iskulauseita ja jakoivat samalla valtaa uudelleen keskenään. Valittavana oli joko aito tai hallittu demokratia. Vuoden 1988 alussa Fjodor Burlatski kuului Anatoli Lukjanovin johtamaan pieneen ryhmään. Jälkimmäinen ehdotti kaksivaiheista lähestymistapaa korkeimman neuvoston valintaan. Oikeudellinen valta oli tarkoitus antaa paikallisille neuvostoille, mutta puolueen ja neuvostojen välinen suhde jätettiin epämääräiseksi. Burlatski ehdotti korkeimman neuvoston, presidentin ja varapresidentin suoria vaaleja, mutta kaikki muut paitsi Jakovlev vastustivat tätä. Gorbatshov olisi voinut tehdä poliittisen vallankumouksen, mutta uskollisena matalan riskin strategialleen hän valitsi Lukjanovin ehdotuksen. Tämä oli kohtalokas virhe. Jos Gorbatshov olisi asettunut ehdolle presidentinvaaleissa, hän olisi saattanut voittaa. Silloin hänestä olisi tullut kansan presidentti. Sen sijaan hän valitsi itsensä Neuvostoliiton kansanedustajien kongressissa, joka oli kommunistien hallitsema elin. Gorbatshovin epäonneksi hän oli avannut Pandoran lippaan. Perestroikan herättämiä yhteiskunnallisia ja poliittisia voimia ei voitu säädellä ylhäältä käsin. Jos Gorbatshov ei halunnut ottaa niitä vaalipiirikseen, muut tekisivät niin. Kommunistinen puolue vastusti demokratiakehitystä ja menetti radikaalimpia jäseniään. He perustivat omia ryhmiä ja haastoivat puolueen suoraan. Boris Jeltsin nousi radikaalien äänestäjien todennäköisimmäksi johtajaksi. Hänen valintansa Venäjän parlamentin puheenjohtajaksi toukokuussa 1990 osoittautui käännekohdaksi Gorbatshoville. Jeltsinistä tuli turhautuneiden, radikaalien, erityisesti taloudellisten uudistajien vetonaula. Gorbatshovin suurimmat virheet tehtiin talouspolitiikassa.