Aloitamme johdatuksella asiaankuuluvaan biologiaan ja selitämme, mitä mittaamme ja miksi. Sitten keskitymme kahteen tärkeimpään mittaustekniikkaan: seuraavan sukupolven sekvensointiin ja mikrosarjoihin. Siirrymme sitten kuvaamaan, miten raakadata ja kokeelliset tiedot tuodaan R:ään ja miten käytämme Bioconductor-luokkia näiden tietojen järjestämiseen, olivatpa ne sitten paikallisesti tuotettuja tai julkisista arkistoista tai laitosten arkistoista kerättyjä. Genomipiirteet tunnistetaan yleensä käyttämällä genomikoordinaattien välejä, ja erittäin tehokkaita algoritmeja genomiväleillä laskemiseen tarkastellaan yksityiskohtaisesti. Tilastollisia menetelmiä geeni- tai polkukeskeisten hypoteesien testaamiseen genomitason tiedoilla löytyy limman kaltaisista paketeista, ja joitakin näistä tekniikoista havainnollistetaan luennoilla ja laboratorioissa.
Opiskelijoidemme erilaisen koulutustaustan vuoksi olemme jakaneet sarjan seitsemään osaan. Voit suorittaa koko sarjan tai yksittäisiä sinua kiinnostavia kursseja. Jos olet tilastotieteilijä, kannattaa harkita kahden tai kolmen ensimmäisen kurssin jättämistä väliin, samoin jos olet biologi, kannattaa harkita joidenkin biologian johdantoluentojen jättämistä väliin. Huomaa, että kurssin tilastotieteen ja ohjelmoinnin vaikeusaste nousee suhteellisen nopeasti kolmen ensimmäisen kurssin aikana. Kolmannella kurssilla opetetaan kehittyneitä tilastollisia käsitteitä, kuten hierarkkisia malleja, ja neljännellä kurssilla kehittyneitä ohjelmistoteknisiä taitoja, kuten rinnakkaislaskentaa ja toistettavia tutkimuskäsitteitä.
Nämä kurssit muodostavat kaksi ammattitutkintoa, ja ne ovat itseopiskelukursseja:
Data-analyysi biotieteissä:
- PH525.1x: Statistics and R for the Life Sciences
- PH525.2x: Johdatus lineaarisiin malleihin ja matriisialgebraan
- PH525.3x: Statistical Inference and Modeling for High-throughput Experiments
- PH525.4x: High-Dimensional Data Analysis
Genomics Data Analysis:
- PH525.5x: Johdatus Bioconductoriin
- PH525.6x: Case Studies in Functional Genomics
- PH525.7x: Advanced Bioconductor
Tätä kurssia on osittain tuettu NIH:n apurahalla R25GM114818.
HarvardX vaatii edX:n kursseille edX:ssä ilmoittautuvia henkilöitä noudattamaan edX:n kunniasäännön ehtoja. HarvardX ryhtyy asianmukaisiin korjaaviin toimenpiteisiin edX:n kunniasäännöstön rikkomisen johdosta, joihin voi kuulua HarvardX:n kurssilta erottaminen, HarvardX:n kurssista saatujen todistusten peruuttaminen tai muita oikaisukeinoja olosuhteiden mukaan. Tällaisten rikkomusten korjaustoimenpiteiden yhteydessä ei myönnetä hyvityksiä. Osallistujia, jotka osallistuvat HarvardX:n kursseille osana jotakin muuta ohjelmaa, koskevat myös kyseisten ohjelmien akateemiset käytännöt.
HarvardX harjoittaa oppimisen tiedettä. Ilmoittautumalla verkko-opiskelijaksi HX-kurssille osallistut myös oppimista koskevaan tutkimukseen. Lue tutkimuslausuntomme saadaksesi lisätietoja.
Harvardin yliopisto ja HarvardX ovat sitoutuneet ylläpitämään turvallista ja terveellistä koulutus- ja työympäristöä, jossa ketään yhteisön jäsentä ei suljeta pois osallistumasta ohjelmaamme, evätä siitä saatavia hyötyjä tai joudu syrjinnän tai häirinnän kohteeksi. Kaikkien HarvardX-yhteisön jäsenten odotetaan noudattavan Harvardin syrjimättömyysperiaatteita, seksuaalinen häirintä mukaan lukien, sekä edX:n käyttöehtoja. Jos sinulla on kysyttävää tai huolenaiheita, ota yhteyttä osoitteeseen [email protected] ja/tai ilmoita kokemuksestasi edX:n yhteydenottolomakkeella.