Journal of Biomedical Informatics heijastaa sitoutumista korkealaatuisiin alkuperäisiin tutkimusartikkeleihin, katsauksiin ja kommentteihin biolääketieteellisen tietotekniikan metodologian alalla. Vaikka julkaisemme artikkeleita, joiden motiivina ovat biolääketieteen sovellukset (esimerkiksi kliininen lääketiede, terveydenhuolto, väestöterveydenhuolto ja translationaalinen bioinformatiikka), lehdessä painotetaan raportteja uusista metodologioista ja tekniikoista, joilla on yleistä sovellettavuutta ja jotka muodostavat perustan kehittyvälle biolääketieteelliselle informaatiotieteelle. Lääkinnällisiä laitteita koskevat artikkelit, toteutettujen järjestelmien arvioinnit (mukaan lukien tietotekniikan kliiniset kokeet) tai artikkelit, jotka antavat tietoa biologisesta prosessista, tietystä sairaudesta tai hoitovaihtoehdoista, sopivat yleensä paremmin julkaistaviksi muissa lehdissä. Signaalinkäsittelyn ja kuva-analyysin sovelluksia käsittelevät artikkelit sopivat usein paremmin biolääketieteellisen tekniikan lehtiin tai muihin tietotekniikan lehtiin, vaikka julkaisemmekin artikkeleita, joissa korostetaan tiedonhallintaan ja tiedon esittämiseen/mallintamiseen liittyviä kysymyksiä, jotka liittyvät biologisten signaalien ja kuvien tallennukseen ja käyttöön. Järjestelmäkuvaukset ovat tervetulleita, jos ne havainnollistavat ja perustelevat raportin pääpainopisteenä olevaa menetelmää ja jos niissä pyritään käsittelemään menetelmän yleistettävyyttä ja/tai soveltamisalaa. Huomaa myös, että JBI:n kansainvälisen luonteen vuoksi artikkelit, jotka käsittelevät muita kieliä kuin englantia tai maakohtaisia terveydenhuoltojärjestelmiä tai -lähestymistapoja, voidaan hyväksyä JBI:iin vain, jos ne tarjoavat yleistettävissä olevia oppeja, jotka ovat merkityksellisiä laajalle JBI:n lukijakunnalle maasta, kielestä, kulttuurista tai terveydenhuoltojärjestelmästä riippumatta.
Mitkä artikkelit soveltuvat JBI:iin?
Paperit, jotka vastaavat lääketieteen tarpeeseen, eivät vain sopivaa tietoaineistoa analysoitavaksi uusilla menetelmillä, jotka sen sijaan voisivat mennä johonkin insinööritieteiden lehteen.
Terveydenhuollon ammattilaisten osallistuminen työn motivaatioon ja tulosten arviointiin on yleensä välttämätöntä.
Kannustamme JBI:n alkuperäisten tutkimusartikkeleiden kirjoittajia kuvailemaan töitä esimerkiksi seuraavalla tavalla:
”Minulla oli todellisen maailman biolääketieteeseen liittyvä ongelma, jonka vuoksi kokeilin jo olemassa olevia tekniikoita, mutta ne eivät toimineet. Niinpä kehitin uuden menetelmän ja arvioin sen soveltuvuutta ja vertasin sitä tekniikan tasoon reaalimaailmani alalla. Se sai minut miettimään, mitä muita ongelmia tämä uusi menetelmä voisi auttaa ratkaisemaan. Liityin tähän Keskustelussa ja osoitin, että minulla on uusi yleinen menetelmä, joka ei ole spesifinen kapealle sovellusalueelle.”
”Vaikka olen käyttänyt olemassa olevia ML-menetelmiä, olen luonut ja validoinut ’menetelmien menetelmän’, jossa selitetään, miten olemassa olevia menetelmiä sovelletaan biolääketieteellisten ongelmien tilaan, joilla on yhteisiä ainutlaatuisia ominaisuuksia, jotka vaikuttavat menetelmien valintaan.”
Mitä on biolääketieteellinen tietotekniikka?
”Biolääketieteellinen tietotekniikka on monitieteinen ala, joka tutkii ja tavoittelee biolääketieteellisten tietojen, informaation ja tietämyksen tehokasta käyttöä tieteellisessä tutkimuksessa, ongelmanratkaisussa ja päätöksenteossa, ja jonka motiivina on pyrkimys parantaa ihmisten terveyttä.”
C A Kulikowski et al.., AMIA Board white paper: Definition of biomedical informatics and specification of core competencies for graduate education in the discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no. 6, s. 931-938, marraskuu 2012.
Mitkä biolääketieteellisen tietotekniikan osa-alueet ovat JBI:n soveltamisalan ulkopuolella?
Signaalinkäsittelyä, kuvantamista, lääkinnällisiä laitteita, tietoliikenneverkkoja ja tietoturvaa käsittelevät artikkelit ovat yleensä JBI:n soveltamisalan ulkopuolella; jopa bioinformatiikkaa/sairauksien mallintamista käsittelevät artikkelit voivat olla JBI:n soveltamisalan ulkopuolella. Jotta kaikki tällaiset artikkelit voitaisiin ottaa huomioon JBI:ssä, niiden on esiteltävä uusia tietotekniikkamenetelmiä, jotka perustuvat lääketieteellisen tiedon syvälliseen ymmärtämiseen ja hyödyntämiseen, ja niiden olisi oltava siirrettävissä lääketieteellisiin sovelluksiin. JBI:n ulkopuolelle jäävät esimerkiksi artikkelit, joissa ennustetaan DNA-sekvenssien rakennetta (ei translaatiotutkimusta) tai tautien leviämisen mallintamista koskevat artikkelit, joissa ei osoiteta tartuntatautien epidemiologian ymmärtämistä ja hyödyntämistä tai joita ei voida soveltaa käytännössä.
JBI-artikkelien kohteena olevat menetelmät voivat olla peräisin mistä tahansa biolääketieteellisen tietotekniikan alaan kuuluvasta tieteenalasta. Vaikka menetelmät liittyvät usein tietojenkäsittelytieteen alaan, monissa JBI-artikkeleissa korostetaan innovatiivisia tekniikoita muilta aloilta, kuten päätöksentekotieteestä, tilastotieteestä, kognitiotieteestä, psykologiasta, informaatiotieteestä, organisaatioteoriasta tai hallintotieteestä.
Jos harkitset bioinformatiikka-artikkeleidesi lähettämistä JBI:iin, ota huomioon tämä metodologinen painopiste. Rutiini-informatiikan tekniikoiden käyttöön perustuvat biologiset löydöt voivat olla tärkeitä biologisia saavutuksia, mutta ne eivät sovellu JBI:hen. Huomaa lisäksi, että JBI julkaisee bioinformatiikka-artikkeleita vain, jos ne käsittelevät translaatiotutkimukseen (ihmistieteeseen) liittyviä kysymyksiä. Tutustu Translational Bioinformatics -päätoimitukseen, jossa käsitellään tätä aihetta, ennen kuin lähetät artikkelisi.
Biolääketieteellistä yksityisyyttä tai turvallisuutta käsittelevien artikkelien on myös tarjottava uusia ja käytännöllisiä menetelmiä, jotka ovat selkeästi motivoituneet terveydenhuollon ja biolääketieteen haasteista. Muun alan vakiintunut menetelmä ei oikeuta julkaisemiseen JBI:ssä pelkästään siksi, että sitä on sovellettu biolääketieteen ongelmaan. Etsimme myös artikkeleita, joissa kuvataan huomattavia metodologisia uutuuksia eikä niinkään pieniä parannuksia aiemmin julkaistuihin tekniikoihin. Yksityisyyden suoja ja tietoturva -artikkelissa on lisätietoja tämän alan hyväksyttäviä artikkeleita koskevista käytännöistämme.
Artikkelit ovat yleensä seitsemää tyyppiä:
1. Tavalliset tutkimuspaperit: Sellaisen biolääketieteellisesti tai kliinisesti motivoidun järjestelmän tai lähestymistavan esittely ja keskustelu, joka on edellyttänyt pikemminkin innovatiivisten menetelmien kehittämistä kuin vakiintuneiden tekniikoiden soveltamista. Motivoivia sovelluksia voidaan käsitellä, mutta uutta menetelmää on käsiteltävä niin, että sen yleistettävyys on selvä, mieluiten arvioimalla sen soveltamisalaa. Valitse artikkelityyppi ”Research Paper” (tutkimusjulkaisu) lähetysprosessin aikana.
2. Metodologiset katsausartikkelit: Metodologista lähestymistapaa koskevat katsaukset, joissa esitetään yhteenveto sen käyttöönotosta, käytöstä, onnistumisista ja rajoituksista. Tällaisissa katsauksissa ehdotetaan usein myös tulevia tutkimussuuntia tai kritisoidaan menetelmää ja keskustellaan ongelmista, joihin se ei ehkä ole sopiva ratkaisu. Huomaa, että tällaisissa katsauksissa on keskityttävä menetelmään tai lähestymistapaan, ei tiettyyn sovellusalueeseen (esim. vältä lähettämästä katsauksia, kuten ”Computers in Diabetes Management”). Valitse artikkelityyppi ”Review article” (Katsausartikkeli) lähetysprosessin aikana.
3. Kommentit: Nämä ovat yleensä tutkimusartikkeleita lyhyempiä artikkeleita, joissa käsitellään yleensä aiemmin julkaistuja artikkeleita tai aihetta, joka on tärkeä painopistealue biolääketieteellisen tietotekniikan tutkimuksen metodologisen perustan ja sen soveltamisen kannalta. Kommentteja pyydetään usein, mutta kuka tahansa voi toimittaa ne toimituksen kanssa käytyjen keskustelujen jälkeen. Jos kommentin esittämistä harkitaan, pyydämme lähettämään lyhyen ehdotuksen etukäteen osoitteeseen [email protected]. Jos kommenttikirjoituksenne on pyydetty tai päätoimittaja on hyväksynyt sen, valitkaa artikkelityyppi ”Discussions” julkaisuprosessin aikana ja ilmoittakaa saatekirjeessä, että käsikirjoituksenne on tarkoitettu kommenttikirjoitukseksi.
4. Erityisviestinnät: Nämä ovat artikkeleita, jotka käsittelevät jotakin kysymystä, joka kiinnostaa laajalti metodologisesti suuntautunutta tietotekniikan tutkimusyhteisöä. Niissä voidaan raportoida työpajojen tai tutkimusten tuloksista ja yleensä tarjota muille hyödyllisiä opetuksia tai ohjeita. Tällaisissa artikkeleissa ei tarvitse raportoida innovatiivisista uusista tietotekniikan menetelmistä. Jos erikoisjulkaisun toimittamista harkitaan, pyydämme lähettämään lyhyen ehdotuksen etukäteen osoitteeseen [email protected]. Jos päätoimittaja on hyväksynyt erikoisjulkaisun lähettämisen, valitse artikkelityyppi ”Discussion” lähetysprosessin aikana ja mainitse saatekirjeessä, että käsikirjoituksesi on tarkoitettu erikoisjulkaisuksi.
5. Kirjeet toimittajalle: Kirjeitä voi lähettää, ja ne harkitaan mahdollista julkaisemista lehdessä. Niissä kommentoidaan yleensä aiemmin julkaistua artikkelia. Valitse artikkelityyppi ”Correspondence” lähetysprosessin aikana.
6. Kirja-arvostelut: Toimitus tunnistaa toisinaan uuden kirjan, joka todennäköisesti kiinnostaa JBI:n lukijakuntaa. He kutsuvat yksityishenkilöitä kirjoittamaan arvosteluja näistä niteistä, ja tällaiset artikkelit toimitetaan vain kutsusta. Pyytämättömiä kirja-arvosteluja ei oteta huomioon. Valitkaa artikkelityyppi ”Book review” (kirja-arvostelu) lähetysprosessin aikana.
7. Pääkirjoitukset: Toimittajat tai heidän kutsumansa henkilöt julkaisevat toisinaan pääkirjoituksia, mutta pyytämättömiä pääkirjoituksia ei oteta huomioon. Valitkaa artikkelityyppi ”Editorial” (pääkirjoitus) artikkelin lähettämisen yhteydessä.
Kun kirjoittaja lähettää käsikirjoituksen vastauksena erityisen teemanumeron kirjoituspyyntöön, lähetysluokkana on oltava erikoisnumeron nimi, mutta saatekirjeessä on mainittava, onko artikkeli metodologinen katsaus, varsinainen artikkeli vai kommentaari.
Lisätietoa ennen artikkelin lähettämistä
Journal of Biomedical Informatics (JBI), jota Academic Press julkaisi ensimmäisen kerran vuonna 1968 nimellä Computers and Biomedical Research (CBR), uudistettiin ja nimettiin uudelleen vuonna 2001 ilmestyneestä niteestä 34 alkaen. CBR:n 33-vuotisen vahvan historian pohjalta, joka alkoi CBR:n ensiesittelystä vuonna 1968, teimme useita muutoksia päivittääksemme ja suunnataksemme lehden uudelleen alan kehityksen valossa ja pyrkiessämme samalla täyttämään markkinaraon, jota muut biolääketieteellisen tietotekniikan tutkimusta julkaisevat lehdet eivät ole selkeästi määritelleet keskeiseksi painopistealueekseen. Esitimme tämän tavoitteen seuraavasti avajaispääkirjoituksessamme:
”On yhä vaikeampaa julkaista artikkeleita, jotka vetoavat laajalti erilaisiin lukijakuntiin. Olemme näin ollen päättäneet, että on tärkeää ottaa tulevina vuosina käyttöön tiukempi fokus lehdessä, ja tätä silmällä pitäen olemme muuttaneet lehden nimen vastaamaan nykyaikaisempaa ja kapeampaa painotusta. Journal of Biomedical Informatics (JBI) on tarkoitettu pikemminkin täydentämään kuin kilpailemaan muiden merkittävien biolääketieteellisen tietotekniikan lehtien kanssa. Haluamme erityisesti painottaa artikkeleita, joissa selvitetään menetelmiä, jotka ovat yleistettävissä kaikilla biolääketieteen aloilla ja jotka auttavat muodostamaan alan tieteellisen perustan. Artikkelit käsittelevät pikemminkin tietotekniikkaa kuin lääkinnällisiä laitteita ja pikemminkin perustana olevia menetelmiä kuin järjestelmien kuvauksia tai yhteenvetäviä arviointeja. On syytä odottaa, että tämä lehti on erinomainen uusien ideoiden lähde siitä, miten ratkaista vaikeita ongelmia, joita syntyy kehitettäessä laskennallisia ratkaisuja biolääketieteen ja kliinisen käytännön ongelmiin.”
Lähes kahden vuosikymmenen julkaisutoiminnan jälkeen JBI-nimellä olemme tyytyväisiä lehden menestykseen. Se on tunnettu erinomaisuudestaan ja tiukkuudestaan, ja toivomme, että lukijoihin ja julkaistuihin kirjoittajiin tekee samanlaisen vaikutuksen sekä niiden töiden että kirjoitusten laatu, joita olemme houkutelleet näille sivuille.
JBI pyrkii julkaisemaan artikkeleita, jotka antavat käsitteellisen panoksen alalle, tyypillisesti kuvaamalla innovaatiota metodologiassa tai tekniikassa tai käsittelemällä olennaisia yleistettävissä olevia opetuksia, jotka on opittu mielenkiintoisen tietotekniikkahankkeen yhteydessä. Kun panoksella on teoreettinen perusta, myös teoria on asianmukainen painotus esityksessä. Kokemuksemme mukaan monet tutkimushankkeet, jotka alkavat sovelluspyrkimyksinä, johtavat metodologisiin innovaatioihin, jotka asianmukaisesti kuvattuina edistävät tieteenalamme tieteellistä perustaa. Näin ollen emme lannista mielenkiintoisia sovelluksia käsitteleviä artikkeleita, vaan pikemminkin rohkaisemme pohtimaan, miten parhaiten kirjoitetaan ja jaetaan yleistettävissä olevia metodologisia oivalluksia, jotka ovat tulosta soveltavasta työstä ja joista muut voivat hyötyä. Uskomme, että tällaiset artikkelit muodostavat biolääketieteellisen tietotekniikan tieteenalan ytimen.
Kirjoitusten palauttamiseen ilman arvostelua on ollut viisi pääsyytä. Ehkä yleisin syy on se, että paperi on ensisijaisesti kuvaus tietoteknisestä sovelluksesta tai sen arvioinnista. Uusi kliininen järjestelmä, joka käsittelee tärkeää kliinistä ongelmaa, mutta joka ei tarjoa uusia menetelmiä, sopisi paremmin johonkin toiseen lehteen, joko soveltavaan tietotekniikkaan tai kliiniseen sovellusalueeseen. Vastaavasti kyselytutkimukset tai käyttäjätarpeiden analyysit sopivat todennäköisesti JBI:hen vain, jos ne tarjoavat uusia menetelmiä tällaisten tutkimusten tai analyysien suorittamiseen tai uusia oivalluksia käyttäjäkäyttäytymisestä, kognitiotieteestä tai ihmisen ja tietokoneen välisestä vuorovaikutuksesta.
Toinen syy artikkelien palauttamiseen ilman arvostelua on se, että artikkeli ei käsittele keskeisiä informaatiotieteen käsitteitä, jotka liittyvät informaation ja tiedon hallintaan. Yleisimmin näin tapahtuu, kun artikkelissa esitellään uusi lääketieteellinen laite tai lähestymistapa biolääketieteelliseen signaalin- tai kuvankäsittelyyn, erityisesti silloin, kun pääpaino on numeerisissa menetelmissä tai fysiologisessa seurannassa pikemminkin kuin tiedonkäsittelyssä ja -hallinnassa tai tietoon perustuvissa lähestymistavoissa. Tällaiset artikkelit ohjataan yleensä biolääketieteellisen tekniikan lehtiin tai sovellusalueen kliinisiin lehtiin (esim, kardiologian lehteen, kun on kyse uusista lähestymistavoista EKG:n analysointiin, tai kuvantamisen lehteen, kun on kyse uudesta matemaattisesta lähestymistavasta segmentointiin tai muihin kuva-analyysin näkökohtiin).
Kolmanneksi, koska biolääketieteellisen tietotekniikan alaa motivoi kaikissa sovelluksissa se, että sillä on myönteinen vaikutus ihmisten terveyteen tai sairauksien hoitoon, JBI:hen lähetettävien bioinformatiikka-aiheisten artikkeleiden olisi kuuluttava translationaalisen bioinformatiikan alaan (translational bioinformatics, TBI). Hylkäämme rutiininomaisesti paperit ilman tarkistusta, jos ne käsittelevät bioinformatiikan perusratkaisuja, jotka ovat laajasti sovellettavissa (esim. analyysimenetelmät mikrosiruja varten), mutta joiden motiivina ei ole erityisesti ihmisten terveys tai sairaudet. Näin ollen emme julkaise artikkeleita, jotka käsittelevät erityisesti maataloudessa tai eläintieteessä käytettäviä kasvien tai eläinten bioinformatiikkaa tai genomiikan menetelmiä.
Neljänneksi, käytämme tukevaa ohjelmistoa arvioidaksemme jokaisen JBI:lle toimitetun artikkelin ja katsomme, onko olemassa todisteita siitä, että tekstiä on käytetty merkittävästi uudelleen muista julkaistuista artikkeleista. Joissakin tapauksissa aiempia julkaisuja ei edes mainita uudessa julkaisussa. Riippumatta siitä, ovatko käsikirjoituksen kirjoittajat myös sellaisen artikkelin kirjoittajia, jonka tekstiä on käytetty uudelleen, kieltäydymme yleensä arvioimasta artikkeleita, joissa on huomattavaa päällekkäisyyttä muiden julkaisujen kanssa. Tällaiset käytännöt aiheuttavat epäilyjä plagioinnista (tai itseplagioinnista) ja herättävät myös kysymyksiä uudessa käsikirjoituksessa esitetyn työn uutuudesta. Odotamme, että kaikki artikkelit kirjoitetaan de novo, ja pyydämme, että käsikirjoituksista (ja saatekirjeestä) käy selvästi ilmi, miten uusi työ perustuu aiempiin julkaistuihin töihin, parantaa niitä tai ylittää ne.
Viimeiseksi, vaikka JBI on kansainvälinen lehti ja ymmärrämme haasteet, joita kirjoittajat kohtaavat, kun englanti ei ole heidän äidinkielensä, joillakin artikkeleilla on niin vakavia ongelmia englanninkielisessä ilmaisussaan, että hylkäämme ne tai palautamme ne tarkistettavaksi, jolloin ehdotamme englannin kielen taitoisen päätoimittajan tai yhteistyökumppanin osallistumista, ennen kuin artikkeleiden voidaan katsoa soveltuvan tieteelliseen arviointiprosessiin. Pienet kieliongelmat voidaan korjata toimituksellisessa prosessissa, mutta vakavammat ongelmat estävät tieteellisen panoksen asianmukaisen arvioinnin.
Tarkastukseen menneistä artikkeleista hyväksymisprosenttimme on nyt noin 25 prosenttia. Jokainen julkaistu artikkeli on hyväksytty vasta merkittävien tarkistusten jälkeen, joten kirjoittajien ei pitäisi yllättyä, jos tarkistuksia vaaditaan ennen kuin artikkeli on valmis julkaistavaksi. Uskomme kuitenkin, että arvostelu- ja tarkistusprosessissa noudattamamme tiukkuus on johtanut parempaan ja tieteellisesti hyödyllisempään tuotteeseen. Esimerkiksi anekdotaalinen palaute sekä viittaus- ja lataustiedot viittaavat siihen, että lähes jokaiseen numeroon sisältyviä metodologisia katsauksia on käytetty laajalti koulutus- ja tutkimustarkoituksiin.
Meille on toimitettu yhä enemmän artikkeleita jokaisena vuonna sen jälkeen, kun CBR:stä siirryttiin JBI:hen. Ensimmäisenä vuonna saimme noin 100 käsikirjoitusta, mutta nyt saamme reilusti yli 800 paperia vuodessa. Tämän seurauksena lehden koko on kasvanut, ja papereita on enemmän numeroa kohti. Lisäksi omistamme vuosittain kaksi tai kolme numeroa erityisille metodologisille aiheille, joita valvovat vierailevat päätoimittajat, jotka ehdottavat meille tällaisia erityisnumeroita. Hyväksytyt artikkelit ovat välittömästi saatavilla verkossa, ja ne on indeksoitu Medlineen. Ne ilmestyvät pian sen jälkeen kootussa ”virtuaalisessa” numerossa ScienceDirectissä. Vuodesta 2016 lähtien olemme lopettaneet JBI:n painetun version tuottamisen, koska olemme huomanneet, että suurin osa lehden käyttäjistä käyttää sitä Internetin ja ScienceDirectin kautta. Elsevierin Print on Demand -palveluiden kautta on saatavana paperiversioita koko lehdestä. Artikkelit voidaan julkaista open-access-muodossa kirjoittajien maksamaa maksua vastaan, mutta muuten ne ovat vain tilaajien saatavilla ensimmäiset 12 kuukautta julkaisun jälkeen. Sen jälkeen ne ovat vapaasti saatavilla ScienceDirectin avoimessa arkistossa. Koska lehti ilmestyy vain verkossa, toimitetuissa käsikirjoituksissa ei ole rajoituksia tai maksuja värien käytölle kuvioissa tai valokuvissa.
Kannustamme sinua lähettämään parhaat metodologiset työsi JBI:hen. Pitäkää mielessä, että tarjoamme mahdollisuuksia innovatiivisen lähestymistavan syvälliseen käsittelyyn, kuten sekä arvioijat että toimittajat arvioivat, ja olemme välttäneet sanamäärää tai muita yksittäisten artikkelien pituutta koskevia mielivaltaisia rajoituksia. Kannustamme myös väitöskirjatyötä kuvaavia artikkeleita ja korostamme, että väitöskirjassa tehtyjä laajoja aiheiden tarkasteluja voidaan usein mukauttaa JBI:hen soveltuvan metodologisen katsausartikkelin laatimiseen. Lehdellä ei myöskään ole sivumaksuja, ja se voi sisällyttää verkkoympäristössä oleviin artikkeleihin multimediaosioita.
Biolääketieteellinen tietotekniikka on kasvava ala, jolla on tärkeitä sovelluksia ja vaikutuksia kaikkialla biolääketieteellisessä ja kliinisessä maailmassa. Haluamme, että tutkimusyhteisö johdonmukaisesti tunnistaa JBI:n lehdeksi, joka parhaiten määrittelee alan tieteellisen perustan. Kutsumme näin ollen sekä teidän panoksenne että lukijakuntanne.
Mor Peleg
Päätoimittaja
Piilota kokonaan Tavoitteet & Laajuus