Kambodžan lipun keskellä on noin vuodesta 1850 lähtien ollut Angkor Watin kuva. Nykyinen lippu, jossa on sininen bonce vuonna 1948. Sitä käytettiin 9. lokakuuta 1970 asti, jolloin otettiin käyttöön uusi lippu Lon Nolin khmeritasavallalle, joka kesti punaisten khmerien vallankaappaukseen asti vuonna 1975. Vuosina 1975-1979 toiminut Demokraattinen Kamputsean valtio käytti vuodesta 1976 alkaen punaista lippua, jossa Angkor Watin kolmitorninen kuvio oli säilytetty keltaisena. Kamputsean kansantasavalta perustettiin vuonna 1979 Vietnamin hyökättyä Kambodžaan.
Kamputsean kansallinen yhdistynyt kansallisen pelastuksen rintama (FUNSK) elvytti uudessa valtiossa khmerien Issarakin Ranskan vastaisen vastarinnan päivinä käyttöön ottaman lipun. Tässä lipussa oli sama värikuvio kuin DK:n lipussa, mutta siinä oli keltainen viiden tornin Angkor Watin siluetti. Kun PRK nimesi itsensä uudelleen ”Kambodžan valtioksi” (State of Cambodia, SOC) vuonna 1989, lipun alaosasta tuli sininen. UNTAC:n lippua käytettiin siirtymäkauden 1992-1993 aikana yhdessä SOC:n lipun kanssa Kambodžan sisällä.
Vuonna 1993 Kambodžan vuoden 1948 lippu otettiin uudelleen käyttöön. Kambodžan nykyinen lippu on yhdessä Afganistanin, Bolivian, Portugalin, San Marinon ja Espanjan lippujen kanssa ainoat kuusi valtion lippua, joissa on rakennus. Punainen ja sininen ovat Kambodžan perinteisiä värejä.
Tänään käytetty lippu on sama kuin vuonna 1948 perustettu lippu, vaikka vanhemman lipun sanotaan joskus käyttäneen punaista ääriviivaa Angkor Watille, kun taas nykyisessä lipussa käytetään nimenomaan mustaa. Sen jälkeen on käytetty viittä muuta välivaiheen mallia. Lähes kaikissa on käytetty Angkor Watin temppelin kuvaa muodossa tai toisessa. Tämän kuuluisan, 1200-luvulta peräisin olevan temppelipaikan rakensivat Mahidharapuran hallitsijat. Siellä on viisi tornia, mutta niitä kaikkia ei aina kuvattu lipuissa käytetyn tyylitellyn version mukaisesti. Monarkia palautettiin syyskuussa 1993, ja vuoden 1948 lippu otettiin uudelleen käyttöön saman vuoden kesäkuussa.