Kapsomeeri on kapsidin alayksikkö, joka on viruksen perintöainesta suojaava proteiinin ulkokuori. Kapsomeerit kasaantuvat itsestään muodostaen kapsidin.
Tässä Adenoviruksen kaaviossa kapsidimolekyylit näkyvät selvästi.
Protomeereiksi kutsutut alayksiköt kasaantuvat muodostaen kapsomeerit. Erilaisia kapsomeerien järjestelyjä ovat: 1) ikosaedrinen, 2) kierteinen ja 3) kompleksinen.
1) Ikosaedrinen- Ikosaedri on polyedri, jossa on 12 kärkeä ja 20 sivua. Ikosaedrisen kapsidin muodostavat kahdenlaiset kapsomeerit: viisikulmaiset (pentonit) kärkipisteissä ja kuusikulmaiset (heksonit) pinnoilla. Pentoneita on aina kaksitoista, mutta heksonien määrä vaihtelee virusryhmien välillä. Elektronimikroskooppikuvissa kapsomeerit erottuvat säännöllisen välimatkan päässä toisistaan olevina renkaina, joissa on keskellä reikä.
2) Kierteinen- Protomeerit eivät ole ryhmittyneet kapsomeereihin, vaan ne ovat sitoutuneet toisiinsa siten, että ne muodostavat nauhamaisen rakenteen. Tämä rakenne taittuu kierteeksi, koska protomeerit ovat toisesta päästä paksumpia kuin toisesta päästä. Kierteisen kapsidin halkaisija määräytyy sen protomeerien ominaisuuksien mukaan, kun taas sen pituus määräytyy sen ympäröivän nukleiinihapon pituuden mukaan.
3) Kompleksi- esim. poksiviruksella ja rabdoviruksella esiintyvä kompleksi. Tähän ryhmään kuuluvat kaikki ne virukset, jotka eivät sovi kumpaankaan edellä mainituista kahdesta ryhmästä.Kun viruspartikkeli on päässyt isäntäsoluun, isäntäsolun entsyymit sulattavat kapsidin ja sen muodostavat kapsomeerit, jolloin viruksen paljas geneettinen materiaali (DNA/RNA) paljastuu, minkä jälkeen virus siirtyy replikaatiokiertoon.
Kapsomeerit suojaavat fysikaalisilta, kemiallisilta ja entsymaattisilta vaurioilta, ja ne ovat moninkertaisesti redundanttisia; niissä on muutama proteiinin alayksikkö, jotka toistuvat. Tämä johtuu siitä, että viruksen genomi on mahdollisimman taloudellinen tarvitsemalla vain muutamia proteiinikoodoneja suuren rakenteen tekemiseen. Yksi kapsidin tärkeimmistä tehtävistä on tuoda suljettu virusgenomi isäntäsoluihin adsorboitumalla helposti isäntäsolujen pinnoille.