Vanhimmat tunnetut eristämisen muodot ovat Pentateukissa (Raamatussa) yli 3400 vuotta sitten mainittuja eristämisen muotoja, erityisesti lepraa vastaan. Hippokrates ja Galenos neuvoivat 5. vuosisadalla eKr. ”Cito, Longe, Tarde” eli ”mene nopeasti, mene kauas ja palaa myöhään”.
1300- ja 1300-luvuilta lähtien eristäytymisen muodot lisääntyivät. Tartunnan saaneet henkilöt erotettiin toisistaan taudin leviämisen estämiseksi muinaisten israelilaisten keskuudessa Vanhan testamentin Mooseksen lain mukaisesti.
Venetsia oli edelläkävijä ruttoruton leviämisen hillitsemiseksi toteutetuissa terveydenhuoltotoimenpiteissä, sillä se nimitti kolme kansanterveysvalvojaa mustan surman alkuvuosina (1348). Sana ”karanteeni” on peräisin italialaisesta sanonnasta quaranta giorni, joka tarkoittaa ”neljääkymmentä päivää”. Sen käyttö laivoissa määräsi sen nimen, vaikka se ei perustu tieteelliseen syyhyn. Useimpien tautien itämisaika on alle neljäkymmentä päivää, lukuun ottamatta muutamia poikkeuksia, kuten tarttuvaa mononukleoosia tai kurua.
Nykyaikana pelko tartunnasta Kuusta palattaessa (interplanetaarinen tartunta) oli tärkein syy karanteenimenettelyihin, jotka otettiin käyttöön Apollo-ohjelman ensimmäisellä lennolla. Astronautit ja kuunäytteet olivat karanteenissa Lunar Receiving Laboratory -laboratoriossa. Samoin tulevan Mars-paluuoperaation näytteitä varten on olemassa karanteeniprotokolla, joka koskee kaikkia Marsista tulevia näytteitä ja joka toteutettaisiin tason 4 bioturvallisuuslaboratoriossa, joka tunnetaan nimellä Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).