Babylonin kaksivuotinen saneeraus alkoi vuonna 1999. Se maksoi kymmenen miljoonaa markkaa, ja sen rahoitti pääasiassa Saksan hallitus. Istuimiin ja teknisiin laitteisiin annettiin lottokehitysrahaa kaksi miljoonaa euroa. Suuren salin katto ja katto kunnostettiin. Katon puupalkit, jotka eivät enää kestäneet painoa, korvattiin teräspalkeilla, ja niiden päälle rakennettiin uusi katto. Myös rakennuksen julkisivu kunnostettiin.
Kunnostuksen tavoitteena ei ollut palauttaa rakennusta siihen, miltä se näytti tiettynä ajankohtana, vaan säilyttää erilaisia elementtejä rakennuksen koko historiasta. Aula palautettiin sellaiseksi kuin se oli rakennuksen avaamisen aikaan vuonna 1928, ja auditorio kunnostettiin vuoden 1948 tyyliin, jossa oli muhkeat istuimet sekä stukki- ja kullattuja yksityiskohtia. Rakennusta käytettiin alun perin sekä elokuvateatterina että teatterina, ja siksi valkokankaan takana oli takanäyttämö. Sinne rakennettiin uusi pienempi katsomo osana kunnostusta. Suuren salin orkesterikuoppa kunnostettiin, jotta kamariorkesteri voi soittaa elävää musiikkia mykkäelokuvien näytösten aikana. Vuonna 1999 kunnostettiin 70 vuotta vanhat J. D. Philippsin elokuvaurut. Se on Saksan ainoa elokuvateatteriurku, jota soitetaan yhä alkuperäisellä paikallaan.
Toukokuussa 2001 elokuvateatterin uudelleen avajaisissa esitettiin Orson Wellesin elokuva Othello. Vuonna 2002 ”Berliinin elokuvataide Babylon” -yhdistys sai Saksan muistomerkkien suojelusäätiön myöntämän ”Hopeisen pallonpuoliskon”. Arkkitehdit Joachim Roemer ja Klaus Meyer-Rogge palkittiin ”elokuva-arkkitehtuurin avainrakennuksen” pelastamisesta.
Babylon on Berliinin kansainvälisten elokuvajuhlien (Berlinale) tapahtumapaikka. Entisöity elokuvateatteriorni otettiin uudelleen käyttöön 26. toukokuuta 2001 elokuvan The Golem: How He Came into the World yhteydessä. Sitä seurasi mykkäelokuvakonserttien sarja, jossa esiintyi pianisti Stephan von Bothmer.
Vuonna 2009 jotkut työntekijät, jotka olivat anarkosyndikalistisen Vapaiden työntekijöiden liiton (FAU) jäseniä, vaativat korkeampaa palkkaa ja parempia työoloja. Heinäkuun 2009 lopussa FAU:n Berliinin osasto kehotti boikotoimaan elokuvateatteria. Ver.di-ammattiliitto allekirjoitti työntekijöiden kanssa työehtosopimuksen 1. tammikuuta 2010 alkaen. Elokuvateatterin ylläpitäjä aloitti vuonna 2009 oikeudellisen kiistan FAU:n kanssa sen oikeudesta nimetä itsensä ammattiliitoksi. Berlin-Brandenburgin työtuomioistuin päätti lokakuussa 2009, että FAU:lla oli oikeus neuvotella palkkaratkaisuista. Berliinin korkein oikeus määräsi joulukuussa 2009 väliaikaisen kieltomääräyksen, joka kielsi FAU Berliniä kutsumasta itseään ammattiliitoksi toistaiseksi. Korkein oikeus kumosi tämän määräyksen kesäkuussa 2010.