Lievän kinonismin (jota voi esiintyä tavanomaisista terapeuttisista kiniiniannoksista) merkkejä ja oireita ovat punoittava ja hikinen iho, korvien soiminen (tinnitus), näön hämärtyminen, heikentynyt kuulo, sekavuus, palautuva korkeataajuinen kuulon heikkeneminen, päänsärky, vatsakipu, ihottuma, lääkkeen aiheuttama jäkäläreaktio (jäkälävaloherkkyys), huimaus, huimaus, pahoinvointi, oksentelu ja ripuli.
Suuret kiniiniannokset voivat johtaa vakaviin (mutta palautuviin) kinonismin oireisiin: ihottumaan, kuurouteen, uneliaisuuteen, heikentyneeseen näöntarkkuuteen tai sokeuteen, anafylaktiseen sokkiin ja sydämen rytmin tai johtumisen häiriöihin sekä sydäntoksisuudesta (sydänvaurio) johtuvaan kuolemaan. Kiniini voi myös laukaista malariapotilailla harvinaisen yliherkkyysreaktion, jota kutsutaan mustaveden kuumeeksi ja joka johtaa massiiviseen hemolyysiin, hemoglobinemiaan, hemoglobinuriaan ja munuaisten vajaatoimintaan. Useimmat kinonismin oireet (vakavia tapauksia lukuun ottamatta) ovat palautuvia ja häviävät, kun kiniini lopetetaan. Itsemurhayritys nauttimalla suuri annos kiniiniä on aiheuttanut peruuttamattoman tunnelinäön ja hyvin vakavan näköhäiriön.
Kiniinillä hoidetuilla potilailla voi esiintyä myös matalaa verensokeria, etenkin jos sitä annetaan suonensisäisesti, ja hypotensiota (matalaa verenpainetta).
Kiniini inaktivoi klorokiinin tavoin entsyymejä solujen lysosomeissa, ja sillä on myös tulehdusta hillitsevä vaikutus, joten sitä käytetään nivelreuman hoidossa. Näiden entsyymien inaktivointi voi kuitenkin aiheuttaa myös glykogeenin ja fosfolipidien epänormaalia kertymistä lysosomeihin, mikä aiheuttaa toksista myopatiaa. On mahdollista, että tämä toiminta on kinikonismin perimmäinen syy.