Traditionaalisesti klatraattiyhdisteillä tarkoitetaan polymeerisiä isäntiä, jotka sisältävät molekyylisiä vieraita. Viime aikoina termi viittaa moniin molekyylisiin isäntiin, kuten kaliksareeneihin ja syklodekstriineihin ja jopa joihinkin epäorgaanisiin polymeereihin, kuten zeoliitteihin. Luonnollinen piidioksidiklatraattimineraali, chibaite, kuvattiin Japanista vuonna 2008.
Monet klatraatit ovat peräisin orgaanisista vetysidoksisista kehyksistä. Nämä kehykset valmistetaan molekyyleistä, jotka ”yhdistyvät itsestään” moninkertaisten vetysidosteisten vuorovaikutusten avulla. Tunnetuimpia klatraatteja ovat metaaniklatraatit, joissa vetysidoksinen kehys muodostuu vedestä ja vierasmolekyylit ovat metaania. Suuria määriä metaania, joka on luonnostaan jäätynyt tähän muotoon, on sekä ikiroudan muodostelmissa että merenpohjan alla. Muita vetysidonnaisia verkostoja saadaan hydrokinonista, ureasta ja tiokarbamidista. Paljon tutkittu isäntämolekyyli on Dianinin yhdiste.
Hofmann-yhdisteet ovat koordinaatiopolymeerejä, joiden kaava on Ni(CN)4-Ni(NH3)2. Nämä materiaalit kiteytyvät pienten aromaattisten vieraiden (bentseeni, tietyt ksyleenit) kanssa, ja tätä selektiivisyyttä on hyödynnetty kaupallisesti näiden hiilivetyjen erottamisessa. Metalliorgaaniset kehykset (MOF) muodostavat klatraatteja.
Fotolyyttisesti herkkiä häkkiin kytkettyjä yhdisteitä on tutkittu säiliöinä lääkeaineen tai reagenssin vapauttamiseen.