1300-luvun lopulla ilmestyi kaupunkien konfederaatioita, joiden tarkoituksena oli tukea yleistä turvallisuutta ja tarjota turvaa riehuvalta rosvoukselta, ja ensimmäinen konfederaatio oli useiden kaupunkien konfederaatio (Poznań, Pyzdry, Gniezno ja Kalisz Suur-Puolassa) vuonna 1298. 1300-luvun puolivälissä syntyi keskusviranomaisia vastaan suunnattuja aatelisliittoja, ja ensimmäinen tällainen liittouma oli vuonna 1352. Välikausien aikana konfederaatiot (lähinnä valvontakomiteat) muodostettiin korvaamaan toimimaton kuninkaallinen hovi, suojelemaan sisäistä järjestystä ja puolustamaan maata ulkoisilta vaaroilta. Konfederaatiot tunnustettiin Puolan lainsäädännössä vallankumousoikeutena Henrikin artikloissa (1573), jotka olivat osa jokaisen Puolan kuninkaan vuodesta 1576 lähtien vannomaa sopimusta (pacta conventa). Niissä todettiin (articulus de non praestanda oboedientia, vuodelta 1501 peräisin oleva sääntö Mielnikin etuoikeudesta), että jos monarkki ei tunnusta aateliston (szlachta) oikeuksia ja etuoikeuksia tai käyttää niitä väärin, aateliset eivät ole enää velvollisia tottelemaan häntä, ja heillä on laillinen oikeus olla tottelematta häntä.
1700-luvun alussa konfederaatioista tuli yhä merkittävämpi osa Kansainyhteisön poliittista kenttää. 1700- ja 1700-luvuilla konfederaatiot olivat magnaattien organisoimia, ja ne olivat joko kuninkaanmielisiä tai kuninkaanvastaisia. Konfederaatiota, jota kuningas ei tunnustanut, pidettiin rokoszina (”kapinana”), vaikka kuningas lopulta tunnusti jotkut rokoszit ja saattoi jopa itse liittyä niihin. Useimmat kuninkaanmieliset konfederaatiot muodostettiin yleensä vastauksena kuninkaanvastaiseen konfederaatioon, ja jotkin niistä muodostettiin parlamentin (sejm) ylimääräisen istunnon muodossa, kuten tapahtui vuosina 1710, 1717 ja 1735.
Konfederaatiot muodostettiin yleensä yhteen maan osaan, ja ne saattoivat laajentua ”yleisiksi konfederaatioiksi”, joihin kuului suurin osa tai kaikki Puola-Liettuan kansainyhteisön voivodikunnat. Tällaisetkin yleiset konfederaatiot muodostettiin kuitenkin erikseen Puolan kuningaskunnan kruunulle ja Liettuan suuriruhtinaskunnalle.
Kullakin konfederaatiolla oli keskeinen asiakirja, jossa selitettiin konfederaation tavoitteet ja joka tunnettiin nimellä konfederaatiolaki ja joka talletettiin tuomioistuimeen (tavallisesti konfederaation muodostamisalueen paikalliseen tuomioistuimeen). Tuomioistuimen huostaan talletettiin myös konfederaation lisäpäätöksiä, niin sanottuja sanctia-päätöksiä. Konfederaation jäsenyys oli vapaaehtoista, ja se edellytti valaa. Konfederaation toimeenpanevaa elintä johti marsalkka ja ryhmä neuvonantajia, jotka tunnettiin nimellä konsyliarz konfederacji. Marsalkka ja siihen liittyvät konsyliarze tunnettiin nimellä yleisyys (generalność). Konfederaatiolla oli myös suurempi neuvosto, joka muistutti parlamenttia (walna rada) ja joka teki päätökset enemmistöpäätöksillä. Noin 1800-luvun puoliväliin asti neuvoston päätösten oli oltava yksimielisiä, mutta sen jälkeen enemmistöpäätökset yleistyivät. Konfederaatioiden sotilaspäälliköt tunnettiin nimellä regimentarze.
1700-luvulla kehittyi myös instituutio, joka tunnettiin nimellä ”konfederaation sejm”. Se oli parlamentin istunto (sejm), joka toimi konfederaation sääntöjen mukaisesti. Sen ensisijainen tarkoitus oli välttää liberumin veto-oikeuden aiheuttamat häiriöt, toisin kuin kansallisen sejmin, jonka veto-oikeus halvaannutti tänä aikana. Joissakin tapauksissa konfederaatiosejmi muodostettiin kansallisen sejmin koko jäsenistöstä, jotta liberum veto ei toimisi siellä.
Konfederaatiot kiellettiin lailla vuonna 1717, mutta ne jatkoivat toimintaansa, mikä osoitti Kansainyhteisön keskusvallan heikkoutta. Ne lakkautettiin myös 3. toukokuuta 1791 annetulla perustuslailla (jonka hyväksyi vuosien 1788-1792 nelivuotissejmi, joka oli itsekin konfederaatiosejmi). Käytännössä tätä kieltoa ei kuitenkaan noudatettu. Toukokuun 3. päivän perustuslaki kaatui vuoden 1792 puolivälissä, kun Venäjän keisarikunnan tukema puolalaisten magnaattien Targowican liittouma, johon kuningas Stanisław II August lopulta liittyi äärimmäisen pakon edessä. Sitä seurannut Venäjän sotilaallinen väliintulo johti (konfederaation yllätykseksi) Puolan toiseen jakoon vuonna 1793. Vuonna 1812 Varsovassa perustettiin Puolan kuningaskunnan yleinen konfederaatio Napoleon I:n Venäjän keisarikunnan vastaiseen kampanjaan.