Havainnointiohjelmistojen kehittäminen on tärkeä aihe genetiikassa, molekyylibiologiassa ja bioinformatiikassa. Tietyt sekvenssimotiivit voivat toimia biosynteesiä ohjaavina säätelysekvensseinä tai signaalisekvensseinä, jotka ohjaavat molekyylin tiettyyn paikkaan solussa tai säätelevät sen kypsymistä. Koska näiden sekvenssien säätelytoiminta on tärkeää, niiden uskotaan säilyneen pitkien evoluutiojaksojen ajan. Joissakin tapauksissa evolutiivista sukulaisuutta voidaan arvioida näiden kohtien säilymisen määrän perusteella.
NotationEdit
Konservoituneita sekvenssimotiiveja kutsutaan konsensussekvensseiksi, ja ne osoittavat, mitkä jäämät ovat konservoituneita ja mitkä jäämät ovat muuttuvia. Tarkastellaan seuraavaa esimerkkiä DNA-sekvenssistä:
AN{A}YR
Tässä notaatiossa A tarkoittaa, että A esiintyy aina kyseisessä kohdassa; tarkoittaa joko C:tä tai T:tä; N tarkoittaa mitä tahansa emästä; ja {A} tarkoittaa mitä tahansa emästä lukuun ottamatta A:ta. Y edustaa mitä tahansa pyrimidiiniä ja R mitä tahansa puriinia.
Tässä esimerkissä notaatio ei anna mitään viitteitä C:n tai T:n suhteellisesta yleisyydestä kyseisessä kohdassa. Vaihtoehtoinen tapa esittää konsensussekvenssi on käyttää sekvenssilogoa. Tämä on konsensusjärjestyksen graafinen esitys, jossa symbolin koko liittyy siihen, kuinka usein tietty nukleotidi (tai aminohappo) esiintyy tietyssä kohdassa. Mitä konservoituneempi jäännös on sekvenssilogossa, sitä suuremmaksi kyseisen jäännöksen symboli on piirretty; mitä harvinaisempi, sitä pienempi symboli. Sekvenssilogoja voi luoda WebLogolla tai Gestalt Workbenchillä, joka on julkisesti saatavilla oleva visualisointityökalu, jonka on kirjoittanut Gustavo Glusman Institute for Systems Biologysta.