Vaihtoehtoisissa syöpäprotokollissa käytetään korkean annoksen entsyymiterapiaa kasvainten hajottamiseksi, verenkiertojärjestelmän puhdistamiseksi roskista ja immuunijärjestelmän toiminnan stimuloimiseksi. Näissä protokollissa käytetyt systeemiset entsyymit hajottavat virusten suojakuoren ja vapauttavat ne, jotta immuunijärjestelmä voi tunnistaa ne ja hyökätä niiden kimppuun. Virukset ja muut patogeeniset mikro-organismit lisäävät huomattavasti toksista kuormitusta ja kuormittavat immuunijärjestelmää. Näiden infektioiden poistaminen on ensiarvoisen tärkeää immuunijärjestelmän optimaalisen toiminnan kannalta.
Tämä sama prosessi koskee myös syöpäsoluja. Kun fibriini hajoaa, immuunijärjestelmä pystyy sen jälkeen kohdistamaan patogeeniset tunkeutujat tehokkaammin. Entsyymit lisäävät myös immuunitoimintaa stimuloimalla immuunimolekyylejä, kuten sytokiineja, makrofageja ja luonnollisia tappajasoluja. Kun immuunijärjestelmä toimii täydellä teholla, se voi hoitaa tehtäviään syövän kasvun ja leviämisen estämiseksi.
Systeemiset entsyymit tehostavat tavanomaisten syöpähoitojen, kuten kemoterapian ja sädehoidon, tehokkuutta. Kemoterapia pystyy paremmin hyökkäämään syöpäsolujen kimppuun, kun fibriini hajoaa, ja pienempiä annoksia voidaan käyttää. Tulehdusta ehkäisevien ja kipua lievittävien vaikutustensa vuoksi entsyymit auttavat lieventämään kemoterapian kielteisiä sivuvaikutuksia, kuten oksentelua, kipua, lihasten kulumista ja uupumusta. Entsyymit auttavat myös hajottamaan arpikudosta, joka on säteilyn sivuvaikutus. Lisäksi potilaat toipuvat nopeammin leikkauksesta, kun he käyttävät entsyymejä.