12. heinäkuuta 1806 allekirjoitettuaan Pariisissa Reinin liittosopimuksen (saks. Rheinbundakte) 16 saksalaista valtiota liittyi yhteen liittovaltioksi (sopimuksessa sitä kutsuttiin nimellä états confédérés du Rhinelande, jonka edeltäjä oli Reinin liitto). ”Konfederaation suojelija” oli Ranskan keisarin Napoleonin perinnöllinen virka. Elokuun 1. päivänä konfederaation jäsenet erosivat virallisesti Pyhästä saksalais-roomalaisesta keisarikunnasta, ja 6. elokuuta Frans II julisti Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan hajonneeksi Napoleonin esittämän uhkavaatimuksen jälkeen. Fransiskus ja hänen Habsburg-dynastiansa jatkoivat Itävallan keisareina.
Sopimuksen mukaan liittovaltiota oli määrä johtaa yhteiset perustuslailliset elimet, mutta yksittäiset valtiot (erityisesti suuremmat) halusivat rajoittamatonta suvereniteettia. Monarkkisen valtionpäämiehen sijaan, kuten Pyhän Rooman keisarilla oli ollut, sen korkeinta virkaa hoiti entinen arkkikansleri Karl Theodor von Dalberg, joka kantoi nyt liittovaltion prinssiprimusarvonimeä. Tässä ominaisuudessa hän toimi kuninkaiden kollegion puheenjohtajana ja johti konfederaation valtiopäivää, joka oli suunniteltu parlamenttimaiseksi elimeksi, vaikka se ei koskaan kokoontunutkaan. Ruhtinaskunnan neuvoston puheenjohtaja oli Nassau-Usingenin prinssi.
Vastineeksi Napoleonin tukemisesta jotkut hallitsijat saivat korkeamman statuksen: Badenista, Hessenistä, Clevesistä ja Bergistä tehtiin suuriruhtinaskuntia, ja Württembergistä ja Baijerista tuli kuningaskuntia. Useita jäsenmaita laajennettiin myös sulauttamalla niihin tuolloin mediatisoitujen keisarillisten kreivien ja ritarien alueita. Ne joutuivat kuitenkin maksamaan uudesta asemastaan erittäin korkean hinnan. Konfederaatio oli ennen kaikkea sotilasliitto; jäsenvaltioiden oli ylläpidettävä huomattavia armeijoita keskinäistä puolustusta varten ja toimitettava Ranskalle suuri määrä sotilashenkilöstöä. Tapahtumien edetessä konfederaation jäsenet huomasivat olevansa alisteisempia Napoleonille kuin ne olivat olleet Habsburgeille ollessaan Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan jäseniä.
Kun Preussi oli hävinnyt Ranskalle vuonna 1806, Napoleon suostutteli suurimman osan Saksan toissijaisista osavaltioista Reinin konfederaatioon. Lopulta 23 muuta Saksan valtiota liittyi liittovaltioon. Se oli suurimmillaan vuonna 1808, jolloin siihen kuului 36 valtiota – neljä kuningaskuntaa, viisi suurherttuakuntaa, 13 herttuakuntaa, seitsemäntoista ruhtinaskuntaa sekä Hampurin, Lyypekin ja Bremenin vapaat Hansakaupungit. Reinin länsiranta ja Erfurtin ruhtinaskunta oli liitetty suoraan Ranskan keisarikuntaan. Näin ollen Napoleon oli joko Ranskan keisarina tai Reinin liittovaltion suojelijana koko Saksan yliherra lukuun ottamatta Itävaltaa, Preussia, Tanskan Holsteinia ja Ruotsin Pommeria sekä aiemmin itsenäistä Sveitsiä, jotka eivät kuuluneet liittovaltioon.
Vuonna 1810 suuret osat nykyisestä Luoteis-Saksasta liitettiin nopeasti Ranskaan, jotta Ison-Britannian kanssa vallitsevaa kauppasaartoa, mannermaista järjestelmää, voitiin valvoa paremmin.
Reinin liitto hajosi vuonna 1813 Napoleonin epäonnistuneen Venäjän keisarikunnan hyökkäyksen seurauksena. Monet sen jäsenistä vaihtoivat puolta Leipzigin taistelun jälkeen, kun kävi ilmeiseksi, että Napoleon häviää kuudennen koalition sodan.