Pian Maxentiuksen kukistamisen jälkeen Konstantinus tapasi Liciniuksen Mediolanumissa (nykyisessä Milanossa) vahvistaakseen useita poliittisia ja dynastisia järjestelyjä. Tämän tapaamisen tuote on tullut tunnetuksi nimellä Milanon edikti, joka laajensi suvaitsevaisuutta kristittyihin ja palautti kaiken vainon aikana takavarikoidun henkilökohtaisen ja yritysten omaisuuden. Tämän asetuksen säilyneet jäljennökset ovat itse asiassa Liciniuksen valtakunnan itäosissa lähettämiä jäljennöksiä. Konstantinus meni kuitenkin paljon pidemmälle kuin Mediolanumissa sovittu yhteinen politiikka. Vuoteen 313 mennessä hän oli jo lahjoittanut Rooman piispalle Lateraanin keisarillisen omaisuuden, johon pian nousi uusi katedraali, Basilica Constantiniana (nykyinen San Giovanni in Laterano). Myös Pyhän Sebastianuksen kirkko aloitettiin todennäköisesti tähän aikaan, ja näinä valtakautensa alkuvuosina Konstantinus alkoi antaa lakeja, joilla kirkolle ja sen papistolle myönnettiin verotuksellisia ja oikeudellisia etuoikeuksia ja vapautuksia kansalaisrasitteista. Kuten hän totesi Afrikan prokonsulille vuonna 313 lähettämässään kirjeessä, kristittyjen papiston ei pitäisi häiritä maallisilla viroilla uskonnollisista velvollisuuksistaan, ”…sillä kun he voivat vapaasti palvella ylimmäisesti jumaluutta, on selvää, että he tuovat suurta hyötyä valtion asioille.” Eräässä toisessa tällaisessa kirjeessä, joka oli osoitettu Karthagon piispalle, Konstantinus mainitsi espanjalaisen piispa Hosiuksen, joka oli myöhemmin valtakaudella tärkeä hänen neuvonantajansa ja mahdollisesti – koska hän saattoi hyvinkin olla Konstantinuksen kanssa Galliassa ennen Maxentiusta vastaan käytyä sotaretkeä – tärkeä tekijä keisarin kääntymyksessä.
Konstantinuksen henkilökohtainen ”teologia” tulee erityisen selvästi esiin huomattavasta kirjesarjasta, joka ulottuu vuodesta 313 vuoden 320-luvun alkupuoliskolle ja joka koskee donatistien skismaa PohjoisAfrikassa. Donatistit väittivät, että niitä pappeja ja piispoja, jotka olivat kerran luopuneet kristinuskosta, ei voitu ottaa takaisin kirkkoon. Konstantinuksen suurin huolenaihe oli, että jakautunut kirkko loukkaa kristittyä Jumalaa ja tuo siten jumalallisen koston Rooman valtakunnalle ja Konstantinukselle itselleen. Konstantinuksen mielestä skisma oli saatanan innoittama. Sen kannattajat uhmasivat Kristuksen armoa, minkä vuoksi heitä odotti ikuinen kadotus viimeisellä tuomiolla. Sillä välin kristillisen yhteisön vanhurskaiden jäsenten tehtävänä oli osoittaa kärsivällisyyttä ja pitkämielisyyttä. Näin he jäljittelisivät Kristusta, ja heidän kärsivällisyytensä palkittaisiin marttyyrikuoleman sijasta – sillä varsinainen marttyyrikuolema ei ollut enää avoinna kristityille kirkon rauhan aikana. Konstantinuksella ei ollut epäilystäkään siitä, etteikö erehdyksen poistaminen ja oikean uskonnon levittäminen olisi sekä hänen henkilökohtainen velvollisuutensa että keisarillisen aseman asianmukainen käyttö. Hänen vaatimuksensa olla ”kirkon ulkopuolisten piispa” voidaan tulkita tässä valossa. Muut keisarillisille virkamiehille ja kristitylle papistolle osoitetuissa kirjeissä esitetyt lausunnot osoittavat, että Konstantinuksen sitoutuminen kristinuskoon oli vakaampaa ja vähemmän epäselvää kuin jotkut ovat väittäneet. Eusebius vahvisti sen, mihin Konstantinus itse uskoi: hänellä oli erityinen ja henkilökohtainen suhde kristittyjen Jumalaan.
Konstantinuksen toinen sekaantuminen kirkolliseen kysymykseen seurasi Liciniuksen kukistamista, mutta arianismia koskeva kiista ja sen vaikealla kreikankielellä muotoillut mutkikkaat tutkimukset kolminaisuuden täsmällisestä luonteesta olivat yhtä kaukana Konstantinuksen koulutustaustasta kuin hänen kärsimättömästä ja kiireisestä luonteensa luonteesta. Nikean kirkolliskokousta, joka avattiin alkukesästä 325 keisarin puheella, oli jo edeltänyt kirje päähenkilölle, Aleksandrialaiselle Ariukselle, jossa Konstantin ilmaisi mielipiteensä siitä, että kiistaa edistivät vain liiallinen vapaa-aika ja akateeminen riitely, että kiistakysymys oli vähäpätöinen ja että se voitiin ratkaista ilman vaikeuksia. Hänen optimismiinsa ei ollut aihetta: sen enempää tämä kirje kuin itse Nikean konsiilikaan tai toinen kirje, jossa Konstantinus kehotti hyväksymään konsiilin päätelmät, eivät riittäneet ratkaisemaan kiistaa, jonka osanottajat olivat yhtä tinkimättömiä kuin teologiset kysymykset olivat hienovaraisia. Itse asiassa yli 40 vuotta Konstantinuksen kuoleman jälkeen arianismi oli itse asiassa itäisen valtakunnan virallinen ortodoksisuus.
Nikean konsiili osui lähes tarkalleen samaan aikaan Konstantinuksen valtakauden 20-vuotisjuhlien kanssa, joihin piispat olivat kunniakkaita osallistujia vastineeksi kohteliaisuudesta, jonka keisarin osallistuminen heidän konsiiliinsa antoi. Konstantinuksen vierailu lännessä vuonna 326 toistaakseen Rooman juhlallisuudet toi kuitenkin mukanaan valtakauden suurimman poliittisen kriisin. Hänen poissa ollessaan idästä Konstantinus tapatti hämäristä syistä vanhimman poikansa, varakeisari Crispuksen, ja oman vaimonsa Faustan, Crispuksen äitipuolen. Myöskään vierailu Roomaan ei ollut menestys. Konstantinuksen kieltäytyminen osallistumasta pakanalliseen kulkueeseen loukkasi roomalaisia, ja kun hän lähti lyhyen vierailun jälkeen, hän ei enää koskaan palannut takaisin.