| Sitraatti(Si)-syntaasi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiointitunnukset | ||||||
| EC-nro | 2.3.3.1 | |||||
| CAS-nro. | 9027-96-7 | |||||
| Tietokannat | ||||||
| IntEnz | IntEnz-näkymä | |||||
| BRENDA | BRENDA merkintä | |||||
| ExPASy | NiceZyme näkymä | |||||
| KEGG | KEGG-merkintä | |||||
| MetaCyc | metabolinen polku | |||||
| PRIAM | profiili | |||||
| PDB-rakenteet | RCSB-PDB-PDBe PDBsum | |||||
| Gene Ontology | AmiGO / QuickGO | |||||
| Search | PMC | PubMed | NCBI | |||
MechanismEdit
Sitraattisyntaasilla on aktiivisessa keskuksessa kolme keskeistä aminohappoa (ns. katalyyttinen triadi), jotka katalysoivat asetyyli-CoA:n ja oksaloasetaatin sitraatiksi ja H-SCoA:ksi aldolikondensaatioreaktiossa. Konversio alkaa siten, että Asp-375:n negatiivisesti varautunut karboksylaattisivuketjun happiatomi deprotonoi asetyyli-CoA:n alfa-hiiliatomin muodostaen enolaattianionin, joka puolestaan neutralisoituu His-274:n protonoimalla, jolloin muodostuu enoliväliaine. Tässä vaiheessa His-274:n epsilonitypen yksinäinen elektronipari, joka muodostui viimeisessä vaiheessa, abstrahoi hydroksyylienoliprotonin muodostaakseen enolaattianionin, joka käynnistää nukleofiilisen hyökkäyksen oksaloasetaatin karbonyylihiileen, joka puolestaan deprotonoi His-320:n epsilonityppiatomin. Tämä nukleofiilinen lisäys johtaa sitroyyli-CoA:n muodostumiseen. Tässä vaiheessa vesimolekyyli deprotonoituu His-320:n epsilon-typpiatomista ja hydrolyysi käynnistyy. Yksi hapen yksinäisistä pareista hyökkää nukleofiilisesti sitroyyli-CoA:n karbonyylihiileen. Tämä muodostaa tetraedrisen välituotteen ja johtaa -SCoA:n irtoamiseen karbonyylin uudistuessa. -SCoA protonoituu muodostaen HSCoA:ta. Lopuksi edellisessä vaiheessa karbonyyliin lisätty hydroksyyli deprotonoituu ja muodostuu sitraattia.
InhibitioEdit
Ensiymiä estävät suuret ATP:ADP- ja NADH:NAD-suhteet, sillä suuret ATP- ja NADH-pitoisuudet osoittavat, että solun energiansaantimahdollisuudet ovat suuret. Sitä inhiboivat myös sukkinyyli-CoA ja propionyyli-CoA, joka muistuttaa asetyyli-CoA:ta ja toimii kilpailullisena inhibiittorina asetyyli-CoA:lle ja ei-kilpailullisena inhibiittorina oksaloasetaatille. Sitraatti estää reaktiota ja on esimerkki tuoteinhibitiosta. sitraattisyntaasin inhibitio asetyyli-CoA-analogeilla on myös hyvin dokumentoitu, ja sitä on käytetty todisteena yhden aktiivisen alueen olemassaolosta. Kokeet ovat osoittaneet, että tämä yksittäinen kohta vaihtelee kahden muodon välillä, jotka osallistuvat vastaavasti ligaasi- ja hydrolaasiaktiivisuuteen. Tämä proteiini saattaa käyttää allosterisen säätelyn morfeiinimallia.