South Carolina Federal perustettiin 31. tammikuuta 1936 Charlestonin laivastotelakalla (Charleston Navy Yard) North Charlestonissa, S.C:ssä, kun neljätoista laivastotelakan työntekijää maksoi kukin 5 dollaria (yhteensä 70 dollarin sijoitus) Navy Yard Employees Credit Unionin perustamiseksi.
Vuonna 1960 luottoyhdistys muutti nimensä Charleston Naval Shipyard (CNS) Federal Credit Unioniksi, kun sen jäsenkunta laajeni kattamaan laivastotukikohdassa työskentelevän tai sinne sijoitetun/kotiin sijoitetun laivastotukikohdan henkilöstön. Vuonna 1965 CNS:stä tuli Etelä-Carolinan ensimmäinen luottoyhdistys, jolla oli oma laitos. Vuonna 1969 CNS avasi ensimmäisen konttorinsa laivastoasemalla. Muut toimipisteet seurasivat nopeasti.
1980-luvulla CNS hyödynsi lainsäädännöllisiä muutoksia, jotka mahdollistivat luottoyhdistysten toimimisen täyden palvelun rahoituslaitoksina. NCUA salli tänä aikana myös luottoyhdistysten avata jäsenkenttänsä ”erilaisille ryhmille”, mikä mahdollisti CNS:n hyväksyä jäseniä muiltakin kuin telakkaan liittyviltä ryhmiltä tai organisaatioilta.Nämä muutokset vaikuttivat osaltaan siihen, että useat pienemmät luottoyhdistykset fuusioituivat CNS:n kanssa 80-luvulla. Vuoden 1985 lopussa, CNS:n lähestyessä 50-vuotisjuhlavuottaan, sen varat olivat 221 miljoonaa dollaria ja se palveli 103 844 jäsentä.
Yhdysvaltojen laivasto sulki Charlestonin laivastotelakan ja laivastotukikohdan 1. huhtikuuta 1994, mutta CNS:n jäsenkanta oli niin vankka, että luotto-osuuskunta pystyi selviytymään menetyksestä. Tunnustuksena muuttuneesta toimintaympäristöstä ja luottokunnan laajasta jäsenkunnasta CNS muutti nimensä 9. elokuuta 1994 South Carolina Federal Credit Unioniksi.
1990-luvulla South Carolina Federal laajeni ensimmäistä kertaa Charlestonin alueen ulkopuolelle, Georgetowniin ja Columbiaan, osavaltioon S.C. Vuonna 2003 South Carolina Federal muutti asemaansa valikoidusta työnantajaryhmittymästä yhteisökonttorilla toimivaksi luottokunnaksi. Toukokuussa 2004 South Carolina Federal saavutti merkittävän taloudellisen merkkipaalun, kun sen varat ylittivät miljardi dollaria.