SRA

Submission Details

Tutkimuksen ja koehenkilöiden rekisteröinti dbGaP:iin

Vuorovaikutteinen yleiskatsaus dbGaP:n toimittamiseen löytyy täältä.

DbGaP:n toimittamisen dokumentaatiopaketti on ladattavissa [täältä.

Kaikki tähän jättövaiheeseen liittyvät kysymykset tulee osoittaa osoitteeseen [email protected].

SRA: Submit sequencing metadata to SRA Curator

Ota yhteyttä SRA:n henkilökuntaan osoitteeseen [email protected] ja ilmoita tutkimuksenne liittymisnumero (phs######) otsikkorivillä (se auttaa kohdentamaan kysymyksenne oikealle henkilölle), ja SRA antaa teille täytettäväksi ja palautettavaksi sekvensoinnin metatiedot sisältävän taulukon.

Sekvensoinnin metatietolaskentataulukon näytesarake täytetään valmiiksi dbGaP-tunnuksillasi (tutkimuksen liittymä ja dbGaP:n näytetunnukset). Sinun on täytettävä laskentataulukko vaadituilla teknisillä yksityiskohdilla sekä lataamiesi sekvenssitiedostojen nimillä ja MD5-tarkistussummilla

Huomaa, että jokaisen library_id:n on oltava yksilöllinen, otsikon on annettava käyttäjille mahdollisuus tunnistaa ja erottaa sekvenssisi, ja suunnittelun kuvauksen on oltava lyhyt (1-3 virkettä) materiaalit ja menetelmät -kuvaus, jossa kuvataan, miten kirjasto valmistettiin ja sekvensoitiin. Lisäohjeita ja -kuvauksia on laskentataulukossa. Anna suunnittelukuvaus yksirivisenä tekstinä ilman rivinvaihtoja tai erikoismerkkejä.

SRA: Siirrä sekvenssitiedostot suojattuun SRA-tiliin

SRA:n kuraattori avustaa tiedostojen lataamisessa, kun sekvensoinnin metatietolaskentataulukko on täytetty ja palautettu.

Lataa datatiedostot vain sinulle annetulle lataustilille, kun olet täyttänyt metatietolaskentataulukon.

Sinun tulee:

1. Luoda ssh-avainpari.
2. Tarjoa julkinen avaintiedosto (esimerkiksi *.pub) NCBI:lle.
3. Käytä ascp tiedostojen siirtoon.

Lähettäjien on käytettävä Asperan komentoriviohjelmaa ascp datatiedostojen siirtoon. ascp on pakattu Aspera Connectin mukana, joka on saatavana lataussivulta täältä: Aspera Connect Downloads.

Tämä ohjelma on ilmainen NCBI:hen ja NCBI:stä tietoja lähettäville lähettäjille. Tarkista paikalliselta verkkoryhmältäsi, että UDP-siirto on käytössä seuraavalla IP-alueella: 130.14.\*.\* ja 165.112.\*.\*. Palomuurin on sallittava myös ssh-liikenne ulospäin NCBI:hen.

Aspera-avainparit

Lähettäjien on luotava avainparit, jotta he voivat käyttää Aspera-lataustiliä (ks. alla olevat ohjeet avainparin luomisesta eri käyttöjärjestelmissä).

Lähettäkää vain julkinen avain SRA:n kuraattorille, joka on tällä hetkellä avustavana toimijana saadakseen pääsyn [email protected]-lataustilille.

Linux/Unix ja OS X

Linux/Unix ja OS X -käyttäjät voivat käyttää komentorivin ssh-keygen-apuohjelmaa.

Seuraava komentorivi luo yksityisen avaimen (mykey) ja julkisen avaimen (mykey.pub) nykyiseen työhakemistoon:

PuTTYgen for Windows

Ohjeita PuTTYgenin lataamiseen ja käyttämiseen avainparien luomiseen löytyy tarkemmasta oppaasta täältä: Aspera Keys.

Asperan komentorivin käyttö

Kun avaimesi on lisätty ja sinulle on myönnetty käyttöoikeus, voit ladata tiedostosi ascp kautta.

Esimerkki ascp-komennosta dbGaP-latauksia varten:

Missä:

• <directory> on joko test tai protected.
• <key file> on yksityisen avaimen tiedosto (koko polkunimeä on käytettävä).

Älä aseta -T-vaihtoehtoa suojatuille siirroille.

Vahvista tietojen vastaanotto

Kun kaikki tiedostot ja metatiedot on ladattu, vahvista SRA-kuraattoriltasi, että SRA-osiosiosi dbGAP-luovutuksesi SRA-osio on valmis. Kuraattori voi antaa raportin ladatuista tiedostoista. Myös dbGaP-verkkosivustolla on yöllinen raportti näytteittäin. Vaihda alla olevassa osoitteessa oleva liittymä phs000000 tutkimukseesi raporttia varten. XML-muodossa olevaa raporttia varten vaihda rettype=html muotoon rettype=xml.