Brothers on ehdottanut, että amygdala on tärkeä osa sosiaalisen kognition taustalla olevaa hermoverkkoa. Ja Bauman ja Kemper havaitsivat merkkejä neuropatologiasta amygdalassa post mortem autististen aivoissa. Nämä havainnot sekä viimeaikaiset toiminnalliset neurokuvantamistiedot ovat saaneet Baron-Cohenin ja kollegansa ehdottamaan, että amygdalan toimintahäiriöt saattavat olla osittain vastuussa autismille ominaisten sosiaalisten toimintojen heikkenemisestä. Viimeaikaiset tiedot laboratoriossamme tehdyistä tutkimuksista, jotka koskevat amygdala-vaurioiden vaikutuksia makakki-apinoilla, ovat ristiriidassa sen kanssa, että amygdalalla olisi perustavanlaatuinen rooli sosiaalisessa käyttäytymisessä. Jos amygdala ei ole välttämätön normaalin sosiaalisen käyttäytymisen kannalta, kuten näyttää olevan sekä kädellisillä kädellisillä että valikoiduilla potilailla, joilla on molemminpuolinen amygdala-vaurio, on epätodennäköistä, että amygdala olisi autismiin liittyvän epänormaalin sosiaalisen käyttäytymisen substraatti. Amygdalan vaurio vaikuttaa kuitenkin apinoiden reaktioon normaalisti pelkoa aiheuttaviin ärsykkeisiin, kuten käärmeisiin, ja poistaa luonnollisen haluttomuuden osallistua uusiin lajitovereihin sosiaalisessa vuorovaikutuksessa. Nämä havainnot johtavat siihen johtopäätökseen, että amygdala on tärkeässä roolissa uhkien havaitsemisessa ja asianmukaisen käyttäytymisreaktion käynnistämisessä, josta osa on pelkoa. Jos amygdala on patologinen autismia sairastavilla henkilöillä, se voi vaikuttaa heidän epänormaaliin pelkoonsa ja lisääntyneeseen ahdistuneisuuteensa pikemminkin kuin heidän epänormaaliin sosiaaliseen käyttäytymiseensä.