Massasytometria
Massasytometria eli CyTOF (Fluidigm) on virtaussytometrian muunnelma, jossa vasta-aineet merkitään raskasmetalli-ionimerkinnöillä fluorokromien sijasta. Lukeminen tapahtuu lentoaikamassaspektrometrialla. Tämä mahdollistaa useampien vasta-ainespesifisyyksien yhdistämisen samassa näytteessä ilman merkittävää läikkymistä kanavien välillä. Meillä on vakioidut paneelit immunofenotyypitystä, fenotyypitystä + solunsisäistä sytokiinivärjäystä (ICS) ja fenotyypitystä + fosfo-CyTOF:ää varten, joissa kussakin on 30-38 vasta-ainetta. Ota yhteyttä [email protected] saadaksesi lisätietoja.
Immunofenotyypitys: 33 vasta-ainetta sisältävä CyTOF-immunofenotyypin määrityspaneelimme on suunniteltu käytettäväksi kryosäilytetyn PBMC:n kanssa, mutta se voidaan mukauttaa myös muihin näytetyyppeihin. Avoimiin kanaviin voidaan lisätä rajoitettu määrä lisävasta-aineita saatavuuden mukaan.
Intrasellulaariset sytokiinit: 38 vasta-ainetta sisältävä CyTOF ICS-paneelimme on tarkoitettu ensisijaisesti T-soluvasteiden analysointiin. Rajoitetut korvaukset ovat mahdollisia (yleiset korvaukset lueteltuina).
Fosfo-CyTOF: 30-vasta-aineista koostuvaa fosfo-CyTOF-paneeliamme voidaan käyttää ilmoitettujen ärsykkeiden kanssa lukuisten signaalireittien lukemiseen monissa eri solujen osajoukoissa. Lisäykset tai vaihdot tässä paneelissa ovat vaikeampia, koska pintamarkkerivasta-aineiden on toimittava hyvin kiinteillä epitoopeilla.
Katso luettelo näiden kolmen CyTOF-paneelin vakiovasta-aineista täältä. (tarkistettu kesäkuussa 2018)
Tohtori Mike Leipoldin videohaastattelu CyTOF-kokeisiin liittyvistä kysymyksistä, katso https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Käyttäjän ohjeet
1. Määrityksen suunnittelu: CyTOF-määritykset ajetaan enintään 12 näytteen erissä. Jos näytteitä on enemmän, pyri satunnaistamaan erät siten, että esimerkiksi tapauksia ja kontrolleja ei erotella erillisiin eriin. 2. Näytteiden kerääminen: Käyttäkää optimoitua KRYOPRESERVOINTIPROTOKOLLA elinkelpoiselle PBMC:lle. Suosittelemme jäädyttämään 10^7 solua kryopulloa kohti ja toimittamaan yhden kryopullon kutakin edellä mainittua määritystä varten. PBMC:n käsittely- ja kryosäilytyspalvelut ovat saatavilla myös verenkäsittelyyksiköstämme.
3. Näytteiden ajaminen: Ennen näytteiden ajamista tarvitaan online-tilaus. Läpimenoaika vaihtelee projektin koon ja nykyisen työmäärän mukaan; pienemmät projektit voidaan yleensä saada valmiiksi 3-4 viikon kuluessa tilauksen tekemisestä ja näytteiden toimittamisesta.
4. Data-analyysi: Tarjoamme vakiomuotoisen data-analyysin FlowJo-ohjelmistolla. Excel-raportti, jossa on kaikkien gating-populaatioiden prosenttiosuudet, sekä pdf-tiedostot gating-tuloksista ja kaikista fcs-tiedostoista toimitetaan Google Driven kautta. Vakiopaneelien osalta Excel-tiedot ladataan samanaikaisesti verkkotietokantaamme Stanford Data Mineriin, jossa ne voidaan integroida muihin laboratoriosi HIMC-tietoihin sekä kliinisiin/demografisiin tietoihin, jos ne toimitetaan. Napsauta Data Miner -kotisivun vasemmassa yläkulmassa olevaa ohjelinkkiä, josta saat ohjeita järjestelmän käytöstä.
Tilastollinen konsultointi on saatavilla HIMC:n tilastollisen konsultointipalvelun kautta.
Protokollat
Protokollat-sivultamme löydät yksityiskohtaiset laboratorioprotokollat sekä julkaisuihin tai apurahahakemuksiin soveltuvat lyhyet kuvaukset.
Lisätietoa:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analyzing CyTOF data in FlowJo