Trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMX), tai Bactrim*, Septra*, tai Cotrim*, on paras hoito. Tyypillinen hoito immunokykyisille aikuisille on TMP 160 mg ja SMX 800 mg (yksi kaksoistabletti) suun kautta kahdesti päivässä 7-10 päivän ajan. HIV-tartunnan saaneet potilaat saattavat tarvita pidempiä hoitojaksoja.
TMP-SMX:lle allergisille (tai TMP-SMX:lle intoleranteille) henkilöille ei ole vielä löydetty erittäin tehokkaita vaihtoehtoja. Tällaisten henkilöiden kohdalla harkittavia lähestymistapoja ovat tarkkailu ja oireenmukainen hoito, sellaisen antibiootin käyttö, jonka teho Cyclosporaa vastaan perustuu rajoitettuihin tietoihin, tai TMP-SMX:lle herkistäminen. Jälkimmäistä lähestymistapaa olisi harkittava vain valikoiduille potilaille, jotka tarvitsevat hoitoa, jotka allergologi on arvioinut ja joilla ei ole hengenvaarallista allergiaa.
Anecdotaaliset tai julkaisemattomat tiedot viittaavat siihen, että seuraavat lääkkeet ovat tehottomia: albendatsoli, trimetopriimi (kun sitä käytetään ainoana aineena), atsitromysiini, nalidiksiinihappo, tinidatsoli, metronidatsoli, kinakriini, tetrasykliini, doksisykliini ja diloksanidifuroaatti. Vaikka Haitilla HIV-tartunnan saaneiden potilaiden keskuudessa tehdystä pienestä tutkimuksesta saadut tiedot viittasivat siihen, että siprofloksasiinilla saattaisi olla vaatimaton teho Cyclosporaa vastaan, monien immunokompetenttien henkilöiden keskuudessa saadut huomattavat anekdotaaliset kokemukset viittaavat siihen, että siprofloksasiini on tehoton.
* Kauppanimien käyttäminen on vain tunnistamistarkoituksessa, eikä se tarkoita, että Public Health Service tai U.S. Department of Health and Human Services olisi antanut niille hyväksyntänsä.