Viimeaikaiset raportit osoittivat, että kuubalaisen krokotiilin populaatiomäärät ovat osoittaneet elpymisen merkkejä; Zapatan suon populaatio on arvioitu 3 000-6 000 yksilöksi.
Lajiin kohdistuu kaksi suurinta uhkaa: metsästys ja risteytyminen erityisesti amerikkalaiseen krokotiiliin nähden, mikä rajoittaa lajin puhdasta geenipoolia. Metsästys lisääntyi huomattavasti 1990-luvulta nykypäivään, ja se palvelee pääasiassa matkailuteollisuutta tai paikallista kulutusta. Risteytymistä on epäilty jo pitkään, mutta sitä on ymmärretty huonosti. Viimeaikaiset geneettiset tutkimukset osoittavat, että luonnossa tapahtuu laajamittaista risteytymistä. Kahdella alueella (Zapatan suolla ja Lanierin suolla) on vankeudessa pidetty populaatio, mutta hybridieläimiä epäillään vahvasti myös näissä populaatioissa. Kumpaakaan näistä uhkista ei ole ratkaistu.
Laji on mainittu CITES-sopimuksen liitteessä I. On olemassa myös suoria suojelutoimia, kuten vankeudessa kasvatusohjelmia, palautusistutuksia ja suojelualueita. Laitonta metsästystä esiintyy edelleen, joten pyyntiä on hallinnoitava edelleen, jotta voidaan vähentää populaation nykyistä vähenemistä.
Toimia on käynnissä sen varmistamiseksi, että molemmat nykyiset populaatiot pysyvät hyvin suojeltuina, mutta toinen tärkeä suojelun painopiste on vaihtoehtoisen luonnonvaraisen populaation perustaminen.