En 1831, le père Patrick O’Kelly est arrivé pour exercer son ministère auprès des colons irlandais de la région de Washtenaw. La première messe à Ann Arbor a été dite dans une maison privée le 12 juillet 1835, et les efforts ont commencé cette année-là pour ériger une église permanente. Son successeur, le père Thomas Cullen, a acheté un terrain sur East Kingsley Street près de Division Street en 1842, et la première église a été construite sur ce terrain – la première église en briques d’Ann Arbor. Elle n’a pas été consacrée avant 1845, car Mgr Lefevre ne consacrait pas les églises avant qu’elles ne soient libres de toute dette.
Le cimetière de l’église, sur North Main Street, a été acquis en 1843, mais n’a pas été consacré avant 1878. En 1868, la paroisse a acquis une ancienne école publique en bas de la rue et a ouvert son école paroissiale, l’école St. Thomas the Apostle, qui a célébré son sesquicentenaire en 2018.
Le père Edward D. Kelly est devenu pasteur en 1891, et a trouvé l’église existante inadéquate aux besoins de la paroisse. Il a commencé à recueillir des fonds en 1896 pour l’église actuelle, qui a été dédiée en 1899 et achevée en 1905. Le presbytère en briques jaunes a été achevé en 1902, et un couvent pour les Sœurs du Cœur Immaculé de Marie sur la rue Elizabeth en 1911. Au fil des ans, la paroisse a parrainé le premier hôpital d’Ann Arbor ainsi que deux autres paroisses catholiques.
En 1977, les classes 9 à 12 ont été séparées de l’école St. Thomas the Apostle et sont devenues l’école secondaire catholique Père Gabriel Richard, une institution indépendante. qui a déménagé dans un nouveau campus en 2003.