Bien que des progrès considérables aient été réalisés dans l’élucidation des relations au sein des Chondrichthyes, il n’y a pas d’accord en ce qui concerne la systématique des Batoidea, le superordre le plus dérivé parmi les poissons cartilagineux, et de nombreuses interprétations différentes existent. Notre enquête fournit la première évaluation des relations entre les espèces de batoïdes décrites en utilisant des séquences d’ADNmt et de gènes nucléaires ainsi que la morphologie caryologique. Notre travail consiste principalement à reconstruire les relations phylogénétiques des Batoidea en examinant les séquences de l’ADNmt (16S) et du gène nucléaire (18S) de 11 espèces de batoïdes. Les trois méthodes d’analyse (NJ, MP et analyse bayésienne) ont permis de regrouper les Rajiformes, les Myliobatiformes et les Rhinobatiformes. Dans ces arbres, les deux torpilles divergent des autres poissons batoïdes. Nous comparons également les données moléculaires avec les preuves caryologiques disponibles, qui consistent en le nombre diploïde et la morphologie du caryotype de huit espèces appartenant aux quatre ordres examinés. Les résultats montrent que la structure caryologique des différentes espèces est généralement cohérente avec les différents arbres phylogénétiques, et que les Torpediniformes confirment leur organisation génomique unique.