L’association a été fondée sous le nom d’Association américaine pour l’avancement de l’ostéopathie le 19 avril 1897 à Kirksville, Missouri, par des étudiants de l’école américaine d’ostéopathie spécifiquement Andrew Taylor Still. Elle a été rebaptisée American Osteopathic Association en 1901.
En septembre 1901, l’AOA a commencé à publier une revue scientifique intitulée Journal of the American Osteopathic Association. Les abonnements étaient proposés aux membres de l’AOA et, à l’époque, les frais d’adhésion étaient de 5 dollars par an. Le journal était publié tous les deux mois la première année, puis tous les mois par la suite. En 1903, l’AOA a mené la première enquête d’accréditation des écoles de médecine ostéopathique. Trois ans plus tard, l’American Medical Association a mené sa première enquête d’accréditation des écoles de médecine américaines qui délivrent des diplômes de médecine. En avril 1927, l’AOA a commencé à publier The Forum of Osteopathy, un magazine mensuel qui couvrait les nouvelles relatives à la médecine ostéopathique, à l’AOA et aux groupes connexes. En septembre 1960, le magazine a été rebaptisé The DO.
Au début des années 1900, l’AOA, invoquant des préoccupations en matière de sécurité et d’efficacité, était opposée à l’introduction de la pharmacologie dans le programme d’études de la médecine ostéopathique. Cependant, en 1929, le conseil d’administration de l’AOA a voté pour autoriser l’enseignement de la pharmacologie dans les écoles de médecine ostéopathique. En 1938, l’AOA a commencé à exiger que les étudiants en médecine ostéopathique aient suivi au moins un an de cours universitaires de premier cycle, et en 1940, l’AOA a exigé deux ans. En 1943, l’AOA a fondé le Healthcare Facilities Accreditation Program (HFAP), une organisation qui accrédite les hôpitaux et autres établissements de soins de santé.
En 1957, le ministère américain de la Santé, de l’Éducation et du Bien-être a reconnu l’AOA comme l’organisme officiel d’accréditation de l’enseignement médical ostéopathique. En 1967, la Commission nationale d’accréditation (actuellement le Conseil d’accréditation de l’enseignement supérieur) a reconnu l’AOA comme l’organisme officiel d’accréditation pour tous les aspects de l’enseignement médical ostéopathique. Le ministère de la Santé, de l’Éducation et du Bien-être (actuellement le ministère de la Santé et des Services sociaux) a reconnu l’AOA comme l’organisme officiel d’accréditation des hôpitaux ostéopathiques relevant de Medicare en 1966. En octobre 2015, l’AOA a vendu le programme d’accréditation des établissements de santé à l’Accreditation Association for Hospitals/Health Systems.
En 2016, un groupe de médecins D.O. a intenté un procès antitrust contre l’AOA (Talone et al v. The American Osteopathic Association), contestant l’obligation pour les médecins d’acheter une adhésion à l’AOA comme condition de la certification du conseil de l’AOA. En 2018, l’AOA et les médecins ont conclu un accord de règlement de 35 millions de dollars. Dans le cadre de ce règlement, l’AOA a accepté de mettre fin à sa politique consistant à exiger que les médecins achètent une adhésion à l’AOA pour recevoir la certification du conseil de l’AOA. Le règlement a été finalisé en 2019.
En 2021, l’AOA a intenté un procès contre l’American Board of Internal Medicine (ABIM). Le procès était dirigé contre la politique de l’ABIM exigeant que les directeurs de programme soient certifiés par l’ABIM pour que les diplômés de cette résidence soient admissibles à la certification du conseil de l’ABIM.
L’AOA soutient le « D.O. Day on Capitol Hill » annuel, où plus de 1 000 médecins ostéopathes (D.O.) et étudiants en médecine ostéopathique se rendent à Washington, D.C. pour rencontrer les membres du Congrès afin de discuter des problèmes actuels en matière de soins de santé, tels que les défis de l’accès aux soins. Cet événement est l’occasion pour les législateurs d’en savoir plus sur les soins de santé et la médecine ostéopathique et pour les étudiants en médecine de se familiariser avec le processus politique.