Le centimorgan (abrégé en cM, du nom de Thomas Hunt Morgan) est une unité de mesure auxiliaire de la génétique qui indique la fréquence ou la probabilité d’une recombinaison en pourcentage. De cette manière, il est possible de quantifier la distance génétique, c’est-à-dire la distance génétique entre deux loci sur un chromosome.
Les gènes situés sur le même chromosome peuvent être « découplés » par crossing over. Le nombre attendu de ces événements de cross over peut être estimé à partir de la fréquence (observée) de recombinaison.
Deux loci sont éloignés de 1 cM si la probabilité de recombinaison (c’est-à-dire de Crossing over) entre ces loci est de 1% par méiose, c’est-à-dire qu’il se produit en moyenne un cross over toutes les 100 méioses :
R e c o m b i n a t i o n = 100 ⋅ N o m b r e d e g a m m e s r e c o m b i n a t i o n n e l l e s {\displaystyle \mathrm {recombinaison\,} =100\fracdot {\mathrm {nombre\;der\;recombinés\;gamètes} }{\mathrm {gamètes ;total}}} 
(pour la formation d’un zygote, il faut deux gamètes, dans chacun desquels une recombinaison peut avoir eu lieu).