Champignon Chytride, Batrachochytrium dendrobatidis
La situation : Plus de 40% des espèces d’amphibiens sont en déclin dans le monde, en raison de plusieurs facteurs tels que la perte d’habitat, la dégradation de l’environnement, les polluants et les maladies. Récemment, le champignon pathogène Batrachochytrium dendrobatidis est apparu comme une menace majeure pour les amphibiens. Les amphibiens infectés par B. dendrobatidis développent une chytridiomycose, qui finit par provoquer la mort des espèces sensibles. Les premiers foyers documentés du champignon chytride sont apparus à la fin des années 1990, simultanément en Australie et en Amérique centrale. Depuis lors, l’agent pathogène a été détecté chez plus de 100 espèces d’amphibiens et a été associé à de graves déclins ou extinctions de populations dans plusieurs régions du monde. On ignore encore beaucoup de choses sur la biologie de cet agent pathogène, il reste donc un domaine de recherche actif pour les écologistes des maladies et les biologistes de la conservation.
Dégâts : B. dendrobatidis est un pathogène externe qui s’attache aux parties kératinisées des amphibiens, notamment les pièces buccales des têtards et la peau des adultes. Le champignon se reproduit par l’intermédiaire de sporanges et peut se propager par le déplacement de zoospores flagellées, par contact direct entre hôtes ou entre stades d’hôtes. La croissance du champignon entraîne une dégradation de la couche de kératine, qui finit par provoquer une desquamation de la peau, une léthargie, une perte de poids et éventuellement la mort. Le mécanisme physiologique de la mortalité induite par le chytride n’est pas connu, mais il semble provenir de la perturbation de la fonction de la peau – comme le transport des fluides ou les échanges gazeux.
Le champignon chytride est connu pour infecter plus de 100 espèces, mais la sensibilité à la maladie est très spécifique du stade de vie et de l’espèce. Par exemple, chez la grenouille à pattes jaunes des montagnes (Rana muscosa), les têtards subissent des effets sublétaux généralement légers, la plupart des décès se produisant à la métamorphose, lorsqu’il y a une production rapide de tissus cutanés nouvellement kératinisés. À l’inverse, plusieurs autres espèces d’amphibiens semblent relativement tolérantes à B. dendrobatidis – y compris certaines espèces exotiques ou invasives répandues, telles que le crapaud marin (Bufo marinus), la grenouille taureau américaine (Rana catesbeiana) et la grenouille à griffes africaine (Xenopus laevis)).
Au niveau des populations, les épidémies de champignons chytrides ont été associées à des extinctions locales et possibles d’espèces en Australie, en Amérique centrale et aux États-Unis. Par exemple, en 2004, la prévalence du champignon chytride dans certaines parties du Panama est passée de 0 à près de 60% en 4 mois environ, avec des déclins concomitants de la densité et de la diversité des amphibiens de plus de 80% et 60%, respectivement. On pense que B. dendrobatidis se développe dans les habitats frais et humides. Cela a été utilisé pour faire valoir que les tendances au refroidissement observées dans certaines parties de l’Amérique centrale sont à l’origine des extinctions d’amphibiens induites par le chytride dans ces régions.
Distribution : Une explication de l’émergence récente de la chytridiomycose chez les amphibiens, l' »hypothèse du nouvel agent pathogène », est que B. dendrobatidis existait historiquement comme un agent pathogène distribué localement qui ne s’est propagé que récemment dans de nouvelles régions. L’autre hypothèse, celle du « pathogène endémique », est que le champignon chytride était historiquement répandu mais que des changements environnementaux récents (par exemple, le changement climatique, les polluants, la dégradation de l’habitat) ont modifié son pouvoir pathogène. L’importance relative de ces deux mécanismes est actuellement source de débat. La faible diversité génétique entre les souches de B. dendrobatidis géographiquement éloignées est compatible avec la première hypothèse, mais le synchronisme des épidémies de champignon chytride dans des habitats disparates et intacts soutient la seconde hypothèse.
Les premières épidémies décrites de champignon chytride sont survenues en 1998 à la fois en Australie et en Amérique centrale. Depuis lors, des infections par B. dendrobatidis ont été documentées dans toute l’Amérique, y compris au Mexique et aux États-Unis, en Europe et, plus récemment, en Asie du Sud-Est.
Les plus anciennes infections connues par le champignon chytride proviennent de spécimens de musée de grenouilles africaines à griffes (Xenopus laevis) collectés en 1938. Ces spécimens ont été utilisés pour argumenter en faveur d’une origine africaine de B. dendrobatidis. On pense que le chytride s’est ensuite répandu sur d’autres continents dans les années 1960 et 1970 par le biais du commerce de ces grenouilles africaines.
Recherche : Le lien entre la chytridiomycose et le déclin des amphibiens est un domaine de recherche actif dans le monde entier. Le génome de B. dendrobatidis a été séquencé, ce qui devrait s’avérer utile pour identifier l’origine, les mécanismes de virulence et les méthodes de contrôle potentielles de ce pathogène. Les chercheurs de l’Université de Californie étudient ce pathogène depuis plusieurs années, en particulier les impacts du champignon chytride sur les populations de la grenouille à pattes jaunes des montagnes (Rana muscosa) dans les montagnes de la Sierra Nevada en Californie. Cette grenouille alpine, autrefois abondante, a subi de graves déclins ces dernières années, avec de nombreux décès locaux. Des recherches sont menées sur l’épidémiologie spatiale de la maladie chez R. muscosa, afin de comprendre pourquoi certaines populations locales persistent alors que d’autres s’éteignent. Les projets comprennent l’identification des modes de propagation des agents pathogènes, les impacts des épidémies sur les réseaux alimentaires alpins et les conséquences génétiques des épidémies sur les grenouilles. En ce qui concerne la gestion des populations de grenouilles et des maladies, les expériences comprennent l’évaluation de l’efficacité des traitements antifongiques et la faisabilité de la réintroduction des grenouilles dans les zones d’épidémie précédentes.