Après s’être retiré de la compétition à l’âge de 25 ans, Horner a signé Viktor Maslov et Marc Goossens pour la saison 1999 de la FIA F3000. Avant le début de cette année-là, l’organisation Prodrive de Dave Richards a acheté une participation de 50 % dans Arden pour le compte de la compagnie pétrolière russe Lukoil, dont le patron était le père de Maslov. Horner rachète la part de Prodrive dans Arden après une saison. Darren Manning a été signé pour remplacer Goossens pour la saison 2000-2001, marquant une pole et deux podiums.
Arden a également participé à la F3000 italienne en 2000, remportant trois courses et terminant deuxième du championnat avec Warren Hughes.
Après s’être séparé de Lukoil, une nouvelle équipe de pilotes a été recrutée pour 2002, avec Tomáš Enge et Björn Wirdheim qui ont été amenés à remplacer Manning et Maslov. L’équipe remporte cinq victoires (quatre pour Enge, une pour Wirdheim), et Enge remporte le titre cette année-là, mais est rétrogradé en troisième position après un contrôle antidopage raté, cédant le titre à Sébastien Bourdais. Arden a remporté le championnat par équipe.
Wirdheim est resté en 2003, avec Enge remplacé par Townsend Bell. Björn Wirdheim remporte le titre avec une avance de 35 points sur Ricardo Sperafico, deuxième. Arden a conservé le championnat par équipe.
La dernière saison de F3000, 2004, a été dominée par le pilote principal d’Arden, Vitantonio Liuzzi ; le soutien de Robert Doornbos a permis de décrocher les titres de champion des pilotes et des constructeurs avec une large marge. L’équipe remporte huit des dix manches du championnat cette année-là, Liuzzi en remportant sept et Doornbos une. Liuzzi a été intégré à l’équipe par son manager, Helmut Marko, avec le soutien de Red Bull. À cette époque, Horner a basé son équipe Arden International dans les locaux de Prodrive à Banbury, avant de les déplacer dans l’ancienne installation de 22 Motorsport à proximité.
À ce moment-là, Horner cherchait une occasion de passer à la Formule 1. Après que les discussions avec Eddie Jordan concernant l’achat de Jordan Grand Prix n’aient pas abouti en raison de désaccords sur les coûts, en novembre 2004, la société autrichienne de boissons énergétiques, Red Bull, a acheté Jaguar F1 Team, qui est devenu Red Bull Racing. En janvier 2005, Horner est nommé à la tête de l’équipe, devenant ainsi le plus jeune directeur d’équipe de l’époque. Bien qu’il n’ait été nommé que huit semaines avant le Grand Prix d’Australie qui ouvrait la saison, l’équipe a pris un bon départ sous sa direction, les pilotes David Coulthard et Christian Klien terminant quatrième et septième en Australie, et ils ont marqué un total de 34 points pour l’équipe, contre neuf pour Jaguar l’année précédente. Il a également joué un rôle clé dans le recrutement d’Adrian Newey, qui a été annoncé comme le directeur technique de l’équipe en novembre 2005.
2006 a été une année de transition : lorsque Newey a commencé à travailler chez Red Bull en février 2006, la voiture de cette année (la RB2) avait déjà été conçue, et l’équipe est passée de Cosworth à des moteurs Ferrari clients, qui surchauffaient et n’étaient pas fiables. Cependant, l’équipe monte sur son premier podium au Grand Prix de Monaco, où Horner saute dans une piscine en ne portant rien d’autre qu’une cape de Superman pour fêter l’événement.
2007 apporte la RB3, la première voiture de l’équipe conçue par Newey, et l’arrivée de Mark Webber et des moteurs Renault, cependant l’équipe continue de souffrir de problèmes de fiabilité, la voiture endurant 14 abandons et ne marquant qu’un seul podium, tandis que l’équipe chute à la septième place du championnat des constructeurs l’année suivante.
L’équipe a terminé à une solide deuxième place dans le championnat des constructeurs 2009, les pilotes Sebastian Vettel et Mark Webber terminant respectivement deuxième et quatrième dans la course au titre des pilotes, et remportant six victoires à eux deux. En 2010, l’équipe a remporté son premier championnat des constructeurs à une course de la fin, et Sebastian Vettel a remporté le championnat des pilotes lors de la dernière course de la saison, devenant ainsi le plus jeune champion du monde. À 36 ans, Horner est le plus jeune directeur d’équipe à remporter un championnat des constructeurs de Formule 1. En 2011, l’équipe a remporté son deuxième championnat des constructeurs à trois courses de la fin, Sebastian Vettel devenant le plus jeune double champion du monde. En 2012, l’équipe a remporté son troisième championnat des constructeurs à une course de la fin. Sebastian Vettel est devenu le plus jeune triple champion du monde. En 2013, Red Bull Racing a remporté son quatrième championnat des constructeurs de F1 consécutif, tandis que Sebastian Vettel a remporté son quatrième championnat des pilotes.